区别一、生物分类法不同
脊椎动物是脊索动物的一个亚门；脊索动物门是动物界最高等的门。
区别二、划分类别不同
脊椎动物包括圆口类、鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物等六大类；
脊索动物包括尾索动物、头索动物和脊椎动物。
脊索动物门是发展得最成功的一类，其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂（即脊索动物门的三大特征）。
脊椎动物数量最多、结构最复杂，进化地位最高，由软体动物进化而来。形态结构彼此悬殊，生活方式千差万别。
扩展资料：
发现历程：
要在古生物学上进行有效的脊椎动物起源研究，应该以现代动物学信息为重要线索，在尽可能靠近脊椎动物起源的“源头”时段探寻我国保存了五亿三千万年前的众多精美后口动物软躯体构造化石的澄江化石库，恰好靠近这样的“源头”。
脊索动物无疑是由无脊椎动物起源的。而其中的棘皮动物和半索动物与脊索动物的亲缘关系较近的观点为大多数人所接受。
1999年昆明鱼和海口鱼的发现被英国《自然》杂志评论为“逮住第一鱼”，为难题的破解投进了一缕曙光。
2003年初，舒德干等人再度在《自然》杂志著文，他们通过对数百枚海口鱼标本的深入研究，揭示出它们一方面已经开始演化出原始脊椎骨和眼睛等重要头部感官，另一方面却仍保留着无头类的原始性器官，从而证实了它们不仅是已知最古老的脊椎动物。
参考资料来源：百度百科——脊椎动物
参考资料来源：百度百科——脊索动物门
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