代垫运输费应计入“运费”科目。
详细解释如下：
一、代垫运输费的概念
代垫运输费是指某些情况下，运输费用并非由购买方直接支付，而是由销售方先行垫付，随后再通过一定方式找回。这种情况常见于物流业务中，尤其是涉及到货到付款或运费结算周期较长的情况。
二、会计科目的选择原则
在会计记账时，选择正确的科目非常重要。对于代垫的运输费，应当根据实际情况和会计准则进行科目归类。由于运输费本质上是与货物移动相关的费用，因此应该归入“运费”这一科目。
三、具体处理
当企业代垫运输费时，会计上通常采取的做法是将其记入应收账款或其他应收款项。这样做的原因在于，代垫的运输费本质上是企业为客户提前支付的费用，未来客户会进行支付或按照合同约定的方式进行结算。因此，代垫的运输费本质上是企业的应收账款。但从另一个角度看，因为费用与货物的运输直接相关，所以也可以将其视为货物成本的一部分，记录在存货或相关成本科目中。具体的会计处理还需结合企业的会计政策和实际情况进行。在实际操作中，企业应根据自身情况选择合适的科目进行记账，确保财务报表的准确性和真实性。
总之，对于代垫运输费的科目归属，应根据实际情况灵活处理，确保其符合会计原则和企业实际运营情况。