在安装BEAST v1.10.1于Ubuntu18.04时，我遇到了一些问题，主要涉及与BEAGLE软件包的安装及BEAST安装过程中与显示相关的问题。
首先，我访问了BEAST官网，并通过其提供的链接下载并查看了安装教程。在安装BEAST软件前，需要先安装BEAGLE软件包，这一步骤常出现错误或故障。为解决这一问题，我参考了GitHub上的教程，并按照教程在命令行中提交了命令以下载并安装显卡驱动。
然后，我返回GitHub继续安装BEAGLE。在安装过程中，我遇到了一个致命错误：“无法访问 'GitHub - beagle-dev/beagle-lib: general目的序列进化可能性评价库'：连接到127.0.0.1端口8889失败，拒绝连接”。为了解决这一问题，我通过运行命令行进行了一系列操作，包括检查并取消了与HTTP和HTTPS代理相关的配置，以及手动下载所需的文件包。
继续安装过程中，我遇到了另一个错误：“权限拒绝”错误，出现在BEAGLE安装过程中。我使用“sudo chmod +777”命令解决了这一问题。接着，我配置了环境变量，使得BEAGLE安装得以完成。
接下来，我开始安装BEAST v1.10.1。相比于BEAGLE，BEAST的安装过程较为顺利，我通过下载tgz软件包或命令行完成了安装。在安装过程中，我遇到显示相关的问题，即“Exception in thread "main" java.awt.AWTError”和“Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException”。这表明电脑为图形界面系统，而我使用命令行运行，导致显示错误。
通过查阅资料，我了解到这是因为电脑是图形界面系统，Java默认会启用图形界面，而我使用命令行安装，运行命令行时会报显示错误。网上解决此问题的方法通常涉及修改Java的默认参数，如“export JAVA_OPTS=-Djava.awt.headless=true”。但执行后，我遇到了新的错误“Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException”。尝试了多种方法，均未能解决此问题。
然而，在我几乎放弃的时候，我再次回到BEAST官方网站，仔细阅读了安装教程。按照教程中的命令输入后，BEAST软件神奇地运行了。原来，直接命令运行即可解决问题，无需理会之前的错误提示。
总结起来，安装BEAST v1.10.1在Ubuntu18.04上并非一帆风顺。在安装过程中遇到的问题涉及多个层面，从BEAGLE的安装到BEAST的配置。解决这些问题需要耐心和细致地操作，同时，深入理解相关软件的安装要求和常见错误提示是关键。最终，通过仔细阅读官方文档并遵循其指示，问题得以解决，BEAST成功安装在了我的Ubuntu系统上。
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