“纳豆”一词，听来感到陌生，但在日本却是家喻户晓得食品。日本古书《和汉三才图会》记载：‘纳豆自秦汉以来开始制作。’始于中国的豆豉，日本也曾称纳豆为“豉”，平城京出土的木简中也有“豉”字。由于豆豉在僧家寺院的纳所制造后放入瓮桶贮藏，后由禅僧从秦汉传播到日本寺庙，所以纳豆首先在寺庙得到发展，是以亦称“唐纳豆”或“咸纳豆”。随后依当地环境发展出纳豆，如日本不用豆豉而用大酱，或用酱油不用豉汁。在日本更基于各地区特色，传承出诸如大龙寺纳豆、大德寺纳豆、一休纳豆、大福寺的滨名纳豆、悟真寺的八桥纳豆等等地方特产。
传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。纳豆具有黏性，气味较臭，味道微甜。
传统上先将纳豆加上酱油或日式芥末（一般在百货所卖的盒装纳豆，使用的是日式淡酱油还有黄芥末），搅拌至丝状物出现，置于白饭上食用，是为纳豆饭。也有人将纳豆和生鸡蛋、葱、茗荷、萝卜、柴鱼等各种食材一起混合。在北海道、东北地方有时也将纳豆和砂糖混合。亦有加上蛋黄酱的创意吃法。若未经搅拌便加入酱料会使水分过多，粘性也会有所消减，葱和芥末则能抑制“纳豆氨”刺鼻的气味。不习惯吃纳豆者则以为是腐坏的水煮黄豆。
纳豆含有非转基因黄豆全部营养和发酵后增加的特殊养份，含有皂素，异黄酮，不饱和脂肪酸，卵磷脂，叶酸，食用纤维，钙，铁，钾，维生素及多种氨基酸、矿物质，适合长期食用维护健康。
经日本的医学家、生理学家研究得知，大豆的蛋白质具有不溶解性，而做成纳豆后，变得可溶并产生氨基酸，而且原料中不存在的各种酵素会由于纳豆菌及关联细菌产生，帮助肠胃消化吸收。纳豆的成分是：水分61.8%、粗蛋白19.26%、粗脂肪8.17%、碳水化合物6.09%、粗纤维2.2%、灰分1.86%，作为植物性食品，它的粗蛋白、脂肪最丰富。纳豆系高蛋白滋养食品，纳豆中含有的酶，食用后可排除体内部分胆固醇、分解体内酸化型脂质，使异常血压恢复正常。
因为长期食用纳豆有明显降低心脑血管发病率的作用，许多国人也逐渐开始流行起吃纳豆。