一、适用范围不同
预算会计适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，适用对象具有明显的非营利性，所以又称为非营利组织会计。而企业会计适用于以营利为目的的从事生产经营活动的各类企业。
二、会计核算的基础不同
预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础；事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
三、会计要素构成不同
预算会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。
扩展资料：
预算会计核算应遵循的基本原则：真实性原则、相关性原则、可比性原则、一贯性原则、及时性原则、重要性原则、明晰性原则、收付实现制和权责发生制、历史成本原则、配比原则、专款专用原则。
公共组织的特征是“没有最终委托人的代理人”，不存在所有者权益，一般不受产品市场和资本市场的约束。公共组织主要通过法律（法规）及合同条款、基金会计和预算控制来替代其所缺乏的市场规则，并对组织进行约束和控制。预算会计恒等式为：资产-负债=净资产（基金余额）；收入-支出=结余。
参考资料来源；百度百科-预算会计
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