剧情主线整理/总结
GIN&VODKA初次登场，让新一一夜之间缩小变成了柯南,住进了小兰家里。（《云霄飞车杀人事件》)
《奇怪的寻亲杀人事件》宫野明美第一次也是最后一次正面出场。柯南对组织有了初步认识。
兰第一次怀疑柯南的身份，阿笠博士帮忙解围。（《每月一份礼物威胁事件》)
GIN&VODKA再次登场，柯南知道了二人的代号。
新一再次登场！就此知道了感冒+白干能使他恢复原状，不过时间不长。
龙舌兰登场，旋即被炸死。原来组织在寻找程序设计员。
小兰再一次怀疑柯南身份，这次是有希子帮的忙。
基德闪亮登场。究竟基德在柯南里只是客串还是最终会和主线联系上还是未知数。
灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是APTX4869。药的资料却由于病毒“暗夜公爵”灰飞烟灭了。
从灰原那里得知了组织的计划始于半个世纪前，但究竟是什么不得而知了。“人是不能违逆时光洪流的”，这句话在后面还会出现。 新出医生登场，谁也不会想到，一场看似普通的谋杀案竟然会为近二十卷之后才出现的情节埋下伏笔。
峰回路转，高潮迭起的《与黑衣组织的再次重逢》！灰原解释了APTX4869原来是细胞程序性死亡。Vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。
兰再一次怀疑柯南的身份，这一次的情节被很多柯迷奉为经典。
朱蒂老师登场，身份可疑的外国女人。 在人鱼岛上发现了宫野志保的签名，究竟有何隐情？
Vermouth再次露面，“黑的和黑的混在一起，只会变得更黑”。茱蒂，新出同时出现在了巴士上，令灰原感到了前所未有的恐惧。赤井秀一第一次登场。
熊猫车事件，Mr Black登场。灰原在与赤井擦肩而过的瞬间竟然露出了恐惧。
赤井出现在了佐藤相亲的地方，继而又在监视侦探事务所，究竟有何目的？茱蒂老师提到“FBI”。
Vermouth的箭靶上贴上了柯南，兰，灰原的照片。柯南和平次去拜访茱蒂老师，可是神秘的女人还真不容易参透。（《英语教师VS西部名侦探》）
金苹果事件隆重登场！时间回到一年前，当时的赤井还是一头长发。沙朗登场，她和有希子曾经同门学过易容。新一和兰救了杀人魔，一处精心准备的伏笔。（《工藤新一纽约事件》）
白色的雪，黑暗的影子，黑衣组织再度出场，这次他们的目标是程序设计师板仓。柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。板仓的日记里内容丰富，有“态度高傲讨厌猫的女王”，还有“我们要违逆时光的洪流，让死人复活”。组织的目的起始浮出水面。（《与黑衣组织的接触》）
可疑的人物的活动更加频繁了，看不见的包围圈正一步一步缩小，于是灰原又感冒了。明美在人们的回忆里再度登场，留给了妹妹几盘录音带，可是内容只有灰原知道了（尤其是最后使哀吃惊的留言）。灰原的父母浮出水面，“Hell Angle”由此而来。 （《厕所里隐藏的秘密》）
满月之夜的二元推理！精彩的高潮，揭开了很多的谜题，许多人物的身份水落石出，但是又提出了新的悬疑。vermouth的手机按键音成了日后剧情发展的新线索。
原来那个手机按键音是《七个孩子》的开头音乐。
与黑衣组织魔掌碰触的瞬间，组织的成员基尔，基安蒂,科伦登场。本堂瑛佑登场，在以后的发展中，他和水无怜奈成为了主要线索。 （《黑暗冲击！组织魔爪伸出的瞬间》）
血型疑案自此而始。（有一集铃木大爷说“他（基德）很喜欢大宝石”）
红与黑系列，新的高潮出现。小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈就是本堂瑛海，代替被杀的父亲成为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现，右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。根据漫画所画，此人为右撇子。
伤疤男昙花一现后又给在商场的朱蒂老师留下“这里很危险，快逃”的字条。此时冲矢昴也在商场，昴首次见到了伤疤男。而伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
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