不同地区支付宝交农村合作医疗保险费的方法不同，具体操作步骤如下：
1、打开支付宝手机客户端。
2、点击“首页”中的“更多”。
3、在更多应用界面点击“城市服务”。
4、进入后，点击“社保”。
5、点击“城乡居保缴费”。
6、输入个人证件号码的姓名等相关信息，点击“查询”。
7、进入后，输入缴费金额和选择缴费年限，点击“缴费”，即可完成缴费。
需要注意的是，若用户的社保界面没有城乡居民保险缴费，说明其所在城市不支持支付宝缴费，用户可以前往所属地区的社保中心缴纳。
新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
、首先，参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的，可以直接在卡上交医疗费的，事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远，来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦，降低了农民的满意度。
新型合作医疗，各地方交费数额不统一、交费时间不统一、收费人员不统一、收费时是否告知不统一、收费时是否签合同不统一、报销起付线不统一、封顶线不统一、报销比例不统一、报销项目不统一、不予报销的项目不统一、报销所需证据不统一、转院制度不统一等。
就技术设计而言，虽然我们国家各地区经济发展差异大，但可以实行等额的交费数额的交费，至于统筹的部分，国家可通过对各省的补助资金的比例的不同来进行宏观调控，各省可以通过对各市的补助资金的比例的不同来进行平衡,异地结算可以通过与新农合基金委托银行进行,报销款直接进入医保卡中，存取自便，也便于交合作医疗费，即增强了现金的流动性，又增强了资金的安全性，银行间有比较先进的结算系统,是可行的,以免新农合机构都购买昂贵的联网系统,从而节约成本。
就制度设计而言，而关于新型农村合作医疗在顶层只有一般文件，没有规范性文件，农民查找地方文件很困难，就连工作人员对政策也是模糊的。避免各自为政、条块分割，避免同样的人，却有若干种对待，需要尽快进行顶层设计，最好能有一部关于新型农村合作医疗的法律，最低限度也应该有一部行政法规作出对交费数额、交费时间、收费人员、收费前告知、签约后收费、报销起付线数额、封顶线数额、报销比例、报销项目、不予报销的项目、报销所需证据的种类、转院制度、维权程序的规定，对于全国统一规定影响公平的部分，也应由省级立法机关制定规范性文件，最好是地方法规，便于农民对自己的行为有预见性，少走弯路。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
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