番茄主要病害有早疫病、晚疫病、枯萎病、青枯病、溃疡病、叶霉病、褐斑病等。随着日光温室和塑料大棚固定化栽培技术的发展，番茄的土传病害和空传病害有发展趋势。在露头番茄的许多地区中，病毒病最为严重。多雨年份晚疫病、棉疫病、灰霉病流行。番茄病害种类繁多，多发生在同一地区。番茄的保养必须等到盆土干透后才进行浇水，避免过量浇水，过多的水分容易引起根腐病，光照容易诱发叶斑病。
过度浇水容易诱发根腐病，根部的水分会导致番茄根部缺氧，导致植物组织缺氧，最终导致植物腐烂，最终导致整个植物枯萎。番茄根腐病通常是由于过度浇水引起的。另一种是根腐病，这是由真菌引起的疾病，通常进入休眠状态，如果土壤长时间湿润就会触发。如果及时发现番茄根腐病，及时拔除腐烂部分，适当清洗，去除根部周围的土壤，并用新的土壤重新栽培。
重新种植的植物被削减了太多将有助于保留更多的营养和促进根的生长。太多的叶子会破坏太多的营养物质，植物在生根之前就会枯萎。如果种植西红柿的土壤结块了，即使正常浇水也会导致叶子变黄。土壤结块或透气性差会导致根系缺氧，首发症状是叶片发黄。真菌病害是西红柿常见的病害，尤其是在种植幼苗的时候。如果有根腐病，必须将其除去，以免感染其它幼苗。
有时土壤也会有真菌，水分或环境不通风很容易导致叶斑病，会出现黄叶。早疫病这也是一种非常常见的真菌病害，首先出现在低矮的老叶上，叶片看起来像一个长长的斑点，形成同心环状的小斑点，最终会导致叶片黄化、枯萎，要及时切除病叶，喷洒杀菌。
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