法律分析：先把组织关系落实了，介绍信过期时间不长一般问题不大，不是把关系转到村里吗？你按照介绍信抬头单位办理转入，逐级将组织关系转到村里，这是最应该先办妥的。
至于档案本来就可以不跟组织关系在一起，学校也不是图方便，党员档案与人事档案就是应该放在一起的。不过因为你是预备党员，就要求把党员档案单独提出来，你先把组织关系落实好，再由所在党组织给人才中心开个调档函，你去人才提党员档案，交给村党组织。转正后再将党员档案跟人事档案合并保存。
法律依据：《关于加强党员流动中组织关系管理的暂行规定》 第五条 党员要求流动应向所在单位及其党组织提出申请，凡符合人员流动有关政策规定的，党组织应予以同意并及时为党员转移组织关系。所去单位尚未建立党组织的，应将党员组织关系转到所去单位上级主管部门的党组织，或转到所去单位所在地的街道、乡镇党组织