现在在日本理化学研究所从事的是医学免疫学方面的研究(对，就是两年前小保方事件的那个所)，有过微生物研究的经验。所以本答案是从事免疫学研究接触到的相关的生物学研究来做个评价。然而题主所说的生物学，本人的理解指的是生命科学，所以本答案是针对日本的生命科学研究在国际处于什么地位来做解答。答主能力有限，答案难免有偏颇。
关于前半个问题，我认为日本的生物学研究在国际处于不可被忽视的水平。相对于欧美的生物学研究，日本的生物学研究在重要性和贡献度上都比不上欧美。从数量上来说，非常多的重要的基础生物学发现还是欧美科学家贡献的。但是凭着日本人的匠人精神，日本科学家在生物学方面也有很多的重要的发现。本人只能以免疫学举例，例如发现 IgE 的石坂公成，发现免疫球蛋白类型转换(Immunoglobulin class switching)重要因子 AID 的本庶佑， 发现白介素-6(IL-6)的岸本忠三，发现了干扰素 b(IFN-b)的谷口维绍。这几位的发现都带动了免疫学界的一个领域甚至整个免疫学界的发展，在日本免疫学界被认为很有可能得到诺贝尔奖的。在我不太了解的生物学的其他领域肯定还有类似的例子。所以从重要的贡献来说，数量上来虽然比不上欧美国家，但是日本科学家的发现却是不容忽视的，这也就决定了日本生物学研究的国际地位。从大型的国际学术会议的委员构成上，我们也能从一个侧面看出日本生物学研究测国际地位。你总是能在组委会名单里发现几个日本研究者的名字，在免疫学的国际大会上这一比例会很高。当然中国本土科学家的名字越来越多，说明了中国的研究水平在不断的提高。
这次获奖的大隅教授隶属于日本分子生物学会(The molecular Biology Society of Japan)日本分子生物学会 。此学会发源于上世纪 70 年代前期。日本近代的生物学应该说是从 70 年代略前开始的。在网上想找一份客观的数据来说明一下 70 年代以后的日本生物学发展，但是没有找到适当的资料，只找到一份日本文部省科学技术政策研究所 2010 年 7 月发布的[科学技术指标 2010]的调查资料。拿里面的一些数据来讨论一下。
下图是说明世界主要国家对于所有学科的科技论文发表的相关度和贡献度。(图中美国数据参照右轴，其他国家左轴)
从左图里可以看出从 82 年以后日本(红线)对于科技论文发表的相关度不断上升直到 2000 年后略超英国(浅紫实线)，而后被中国(橙色线)超越。而从右图的贡献度从 82 年开始上升，95 年左右超越英国，在 2005 年左右被中国超越。这张图统计的是所有学科的论文，并不能说明生命科学的贡献度。所以再取一张所有学科发表论文比例的图。
上图中可以看到基础生命学科的论文比例在 1981 年到 2009 年之间略有下降，没有太大变化。假设日本的所有学科对于世界的贡献度在所有时期都是相同的，那结合这两张图可以得出日本基础生命科学对于世界整体的贡献是在提高的。这一假设实际是不成立的，但是因为没有具体的统计数据，所以只能这么估算了。但是也可以从另一个角度来分析，图中的临床医学论文比例从 1981 年的约 10%上升到了约 20%，说明了日本临床医学研究的迅速发展。我们都知道临床医学研究的发展源于基础生命科学的发展，所以可以推测日本基础生命科学的快速发展是在 1981 年到 1990 年之间。因为 1990 年之后的临床医学论文比例加速增长。那么也可以推测日本基础生命科学对世界的贡献度可能是提高的。然而 2000 年之后日本科学界对于世界的贡献度降低，同理也可以推测现在日本基础生命科学对世界的贡献度是不段降低的。论文的贡献度从一个侧面反应了国际地位和水平了。
以上结论是根据数据做出的推测，并不代表实际的情况。各位仅作参考。
以下是资料里对学科的定义。
题主的后半个问题非常大。要想全面的解释这个问题有一点难度，牵扯面也非常广。答主分为以下四点来进一步分析。而且以论述生命学科为主。
研究经费分配使用情况
日本科研机关研究氛围
生命科学发展背景
日本生命科学发展背景
科学相关的诺奖主要是都是颁发给基础科研成果的。这一部分的研究的经费主要都靠政府预算支持。
