齐齐哈尔大学综合实力相对更好一些，下面多角度进行二者对比：
一、学校荣誉对比
1、齐齐哈尔大学：是黑龙江省西部地区唯一一所省属综合性普通高等学校，黑龙江省属三所综合性大学之一，是黑龙江省高水平大学和黑龙江省高教强省（一期）重点建设高校。
2、佳木斯大学：是黑龙江省重点建设的省属高水平大学，是“十三五”期间“国家百所中西部高校基础能力建设工程（二期）支持高校”，是黑龙江省首批深化创新创业教育改革示范高校。
二、师资力量对比
1、齐齐哈尔大学：截至2020年10月7日，学校有专任教师1505人，其中高级职称803人，拥有博士、硕士学位的教师占专任教师总数的84.32%，博士生、硕士生导师426人，聘有外籍教师42人。
教师中当选俄罗斯科学院外籍院士的教师1人，教育部新世纪优秀人才1人，“龙江学者”5人，省“六个一批”人才1人，龙江科技英才1人，享受国务院特殊津贴、省政府特殊津贴专家5人。
获得全国优秀教师、全国模范教师、省教学名师、省教学新秀、省教学能手、等国家级、省部级荣誉称号者30余人。拥有6个省级领军人才梯队，3个省教学团队、1个省优秀研究生导师团队、2个省高校科技创新团队。
2、佳木斯大学：截至2021年3月，学校有4000余名教职工(含3个附属医院)，其中1500余人具有高级职称；入选教育部高等教育教学指导委员会委员2人，有9名省级教学名师，3个省级领军人才梯队，2个省级优秀研究生导师团队，6个省高校科技创新团队。
拥有共享“两院”院士和龙江学者等一批高水平人才。学校广延名师，教师队伍中涌现出国务院特殊津贴获得者、全国模范教师、全国优秀教师等一大批专家学者。
三、学术研究对比
1、齐齐哈尔大学：截至2019年7月，学校有1个教育部工程研究中心，6个黑龙江省重点实验室，3个黑龙江省工程技术研究中心，2个黑龙江省高校重点实验室，1个黑龙江省哲学社会科学研究基地，1个黑龙江省第二批重点培育智库，担任黑龙江省玉米深加工产业技术创新战略联盟理事长单位。
截至2019年7月，学校近五年来，先后获批各类各级科研课题1700项，其中国家、省部级课题342项，作为合作单位获国家技术发明奖二等奖1项，荣获省部级以上奖励105项，获授权发明专利171项。
国家技术发明奖二等奖：银杏二萜内酯强效应组合物的发明及制备关键技术与应用（2018年，参与完成）。
2、佳木斯大学：截至2018年10月，学校拥有教育部工程研究中心1个，省级重点实验室3个，省高校重点实验室3个，省高校科技创新团队4个。
据2019年7月学校官网显示，近三年学校获得各级各类项目1174项，其中国家级项目32项，包括973计划项目子课题1项、863计划项目（合作）5项、国家基金23项、国家社科基金1项、国家科技支撑项目（合作）2项。
省部级课题71项，包括科技部“科技人员服务企业项目”3项、教育部项目4项、卫生部卫生行业科研专项1项、省自然基金55项、省科技攻关计划项目6项、省社科基金项目10项；厅局级项目261项；市级项目334项；横向合作项目26项。
据2019年7月学校官网显示，学校共发表学术论文5877篇，被SCI、EI、SSCI、ISTP、CSSCI等收录428篇，出版各类专著474部，获得国家专利授权58项；共获得各级科技成果奖励合计253项，其中黑龙江省政府科技进步奖8项，黑龙江省社会科学优秀科研成果奖6项，厅局级成果奖励32项、市政府成果奖励217项。
以上内容参考百度百科——齐齐哈尔大学、百度百科——佳木斯大学