从明朝灭亡到康熙中期，明代遗民的反清思想一直没有中断过，那这是为何？个人认为这需要从明代遗民本身和清代统治者两个方面来说。
一、从明代遗民来看
从明代遗民来看，其反清思想的产生主要有以下几个原因：
1、传统华夷观念的影响。“夷夏之辨”的民族观念在孔子之后就不断发展，成为儒家思想体系甚至中国人文传统的一个重要组成部分。而清王朝作为北方的游牧民族对中原展开征服，在深受儒家文化影响的汉人看来，就是野蛮对文明的征服，标志着传统文明的沦丧。
2、崇祯皇帝自杀殉国的表率作用。朱由检虽然在执政期间横征暴敛、大兴党狱等，对亡国有很大责任。但是崇祯在明亡前自辨“朕非亡国之君，诸臣皆亡国之臣矣”以及在遗诏中所说“皆诸臣之误朕也”等，其最终自缢身亡对士人造成了极大心理冲击。自责与悔恨深化为明末清初士人的情感结构的一部分，他们生活在故国之君的阴影中难以解脱。
3、明代以来士人的士气高涨。明代虽然一改宋代“不杀士大夫”的政策，其士人俸禄微薄，而且廷杖、诏狱和杀戮等如影随形，但这些非但没有打击他们，反而士气空前高涨。他们非常注重民族气节，重“夷夏之大防”。
4、学术思想的影响。明代遗民在学术上取得了巨大成就，例如黄宗羲的《明夷待访录》，顾炎武的《日知录》等等，更加深了人民对清朝统治者的不满。
二、从清朝统治者方面来看
一般新王朝建立后如果实行令民众满意的政策，人民的反抗也会很少，因此清代的反清思想也与清代统治者的一些政策措施有关，其主要有以下几点：
1、残酷的军事征服。顺治元年十二月，多铎统率清兵南下，次年四月攻破扬州，制造了惨绝人寰的“扬州十日”大屠杀。同年又有“嘉定三屠”和“江阴屠城”，这种野蛮行径直到顺治五年还在持续，郑亲王济尔哈朗统军在湘潭屠杀八天。
2、野蛮的民族政策。一是圈地与投充。清朝统治者大肆进行圈地运动，掠夺汉人的土地与房产，对北方的农业和农民造成了巨大打击。二是剃发令，“留发不留头”。1645年颁布《剃发令》，强制剃发。这种不顾其他民族文化习俗的政策遭到汉人的极大反抗，但清朝统治者却进行了残酷镇压，制造“嘉定三屠”和“江阴屠城”等惨案。此外，清初还采取了种族隔离和逃人法等野蛮措施，迫使大量汉人流离失所。
3、大兴文字狱。清朝统治者对于人们的言行严加管控，许多人因为文字狱而入狱流放甚至遭致杀身之祸。
三、结语
所以总的来说，明末清初反清思想的产生主要就是明代遗民和清朝初期统治者两方面引起的。所谓“水能载舟，亦能覆舟”，一个国家的政府倘若不能以民为本，其社会秩序也必将难以维持稳定，这对当今社会仍有很大的借鉴意义。