不会影响。
国家专项是先进行的，所以考生如果申请了国家专项计划和高校专项资格，在正式填报普通高招志愿时，可以根据自己的成绩情况选择填报国家专项计划和高校专项资格。如果国家专项或高校专项未录取，不会影响本科一批录取。
如果是本科一批跟专项计划不是同时报志愿录取就不会影响。专项计划一般都是单独填报志愿，不占用其它志愿的填报资源，不会影响其它志愿填报，如果专项计划没有填报或填报后没有被录取，其它志愿就会正常录取的。
高校专项计划，是国家为更好地促进教育公平、让更多的农村学生上大学而出台的一项优惠政策。定向招收边远、贫困、民族等地区县（含县级市）以下高中勤奋好学、成绩优良的农村学生，招生高校为教育部直属高校和其他自主招生试点高校。
扩展资料：
高校专项计划由教育部直属高校和其他自主招生试点高校承担，招生计划不少于学校本科招生规模的2%。高校专项计划主要招收边远、贫困、民族等地区县(含县级市)以下高中勤奋好学、成绩优良的农村学生。
具体实施区域由有关省（区、市）确定。考生及其父母或法定监护人户籍地须在实施区域农村，考生本人具有当地连续3年及以上户籍和当地高中连续3年学籍并实际就读。
专项计划一般有两种：
1、报考贫困地区定向招生专项计划要求考生本人及其父或母在所在省集中连片特殊困难县或国家级扶贫开发工作重点县有常住户籍；考生本人高一至高三在贫困地区连续就读，并有贫困地区高中三年学籍。
录取方面，贫困地区专项计划招生安排在一本院校录取之前进行，原则上按招生学校所在批次录取控制分数线执行。若生源不足，可以根据缺额和生源情况，在同批次录取控制分数线下降20分。若生源还不足，根据实际再适当降分，从高分到低分投档。
2、有常住农村户籍的考生还可以报考农村学生专项计划。
录取方面，农村学生专项计划的录取工作一般安排在第二批本科院校之前进行；最低投档控制分数线原则上按二本批次分数线执行。若生源不足，可以根据缺额和生源情况，在二本批次分数线下适当降分，从高分到低分投档录取。
3、凡报考贫困地区专项计划、农村学生专项计划的考生，须在填报志愿前（具体时间查询当地考试院），持本人户籍、学籍等相关证明材料到所在县级招生办办理贫困地区专项计划报考资格确认手续。
参考资料来源：百度百科——高校专项计划
2、专项计划一般都是单独填报志愿，不占用其它志愿的填报资源，不会影响其它志愿填报，如果专项计划没有填报或填报后没有被录取，其它志愿就会正常录取的。