玛雅文明经历了几个不同的阶段，每个阶段在玛雅地区里有明显不同的地理分布，大致是由南向北迁移。通常考古学家将玛雅历分为三个时期：
前古典时期或形成时期（公元前2000～公元250年）
古典时期（公元250～公元900年）
终结时期或后古典时期（公元900～公元1521年）
前古典时期（形成时期）
此时的玛雅人历经狩猎和采集生活，最后选择定居村落的农耕生活。这时候的玛雅人不只会推算年历，并知道用点和线组合成的数字做运算，更聪明的是，他们也有自己的象形文字。在广大的基坛上面，他们建造神殿，以用来祭祀伺奉的“豹神”。考古学家也挖掘出着人豹图像的土俑和俑人，呈现独特的艺术表现风格。
古典时期
也就是所谓的“黄金时期”。这时期的玛雅城各都市都具备了独立宗教的都市国家性格，形成特殊的联邦组织。而伟大的艺术创造活动与大型金字塔神殿的建造都在此时期盛大展开，趋于极盛。此时期各都市之间的交易极为频繁，但政治问题也随之产生。政治的动乱一直到十世纪左右才被平息。
后古典时期
史学家估计自公元900年，军事国家托耳铁加在墨西哥中央高原大肆侵略，扩张势力，对玛雅文明构成相当程度的威胁，玛雅人于是将城镇往南移到犹加敦半岛，从此，玛雅的城市渐被遗弃，最后成为废墟。但托耳铁加的侵略仍波及到半岛，并干涉抑制玛雅文化后期的发展，形成特殊的托耳铁加与玛雅混合文化。此后，十三世纪至十五世纪，托耳铁加与玛雅再度因托耳铁加侵略的旧习不改，而形成了混乱的场面，就在互相争战中，被西班牙征服军消灭。
古代文明中最令人费解的神秘莫过于玛雅人的“突然灭亡”吧！太多的推测与假设被提出，气候变化、土地过度开发、疾病或虫害、外族入侵等都只是假设，现代考古学家与科学家联手合作，希望找出真正的消失原因，迄今竟没有一项被证实与采用。除去“外星人入侵”的神秘说法，一般较为人们信服的推论是由于农人对祭司的绝对服从因为政治体系或社会的变迁大为削弱，新的教派又触发致命的宗教斗争，但这也仅止于推论，没有人知道一个建筑艺术如此兴盛的文化究竟是如何灭绝的！