结核病的病原是结核杆菌。结核杆菌是引发人和动物结核病的主要病原菌。肺结核病人的痰里潜藏着大量的结核杆菌。此外肠结核病人的大便，肾结核病人的小便，淋巴结核和骨结核病人的脓液中都含有大量的结核杆菌。
结核杆菌可分成五种类型，即结核分枝杆菌（人型）、牛分枝杆菌（也叫牛型）、非洲分枝杆菌、田鼠分枝杆菌和卡介苗等。人型结核杆菌是引起人类结核病的主要病原，占结核病人的90%左右，少数由牛分枝杆菌引起，如饮用的牛奶及乳制品未经消毒会带菌，可以导致牛型结核杆菌感染致病，由牛型分枝杆菌引起的结核病占全部结核病人的3.8%～16%。