自建房和商品房的区别在于土地属性、产权及产权归属、居住环境、价值、居住成本、报建审批程序、修建目的、对修建主体要求、得房率、修建成本不同。具体如下：
1、土地属性不同
商品房土地是以出让取得，按商品房性质有明确使用年限，通常住宅土地使用权是70年，商业土地使用权是40年。自建房土地可以是划拨土地，宅基地，购买的国有土地和集体土地，这几种土地属性完全不同。
2、产权及产权归属不同
在商品房没有销售的时候，商品房产权都归开发者。自建房产权根据土地性质不同，产权比较复杂。如果土地是买的，自建房符合相关规定，可以办理正常产权证。如果土地是划拨，集体土地，自建也没有报审批，那么就办不到产权证。
3、居住环境不同
商品房通常都是以小区形式规划打造，除了房子之外，还有配套商业，物管以及活动空间，在绿化景观上也统一规划打造，居住环境更好，舒适性更高。
自建房通常都是独门独户，有的只是一栋房，缺乏公共空间和绿化景观，居家环境相对要差些。
4、价值不同
商品房是正规的不动产，也成熟商品房交易市场，根据商品房情况有清晰参考价值，根据市场行情，价值水涨船高，可以自由转手交易。
自建房多数是小产权房，受自身素质和法规影响，市场价值有限，交易往往有难度。
5、居住成本不同
商品房居住成本更高，一般有物业费，停车费，垃圾清运费等各种费用，长年累月下来也是一笔不少的开销。
自建房就没有这些费用，居住成本相对要低很多。
6、报建审批程序
自建房保健审批程序相对简单，如果是农村是集体所有制土地，只要是本村人人，经过村集体同意，国家土地部门备案后，你就可以自建房;
商品房报规程序要复杂很多，按用地指标先规划，办工程规划许可，办施工许可证后才能修建，工程达到预售后才能销售。
7、修建目的不同
自建房通常都是用于满足自住，商品房一般都是用来销售，获取经济回报。
8、对修建主体要求不一样
修建自建房对修建人没有什么要求，只要符合规划和规定就可以了。
商品房开发主体有资质要求，对修建人员和公司等必须达到标准，修建管理管控也更严格。
9、得房率不同
自建房基本上都是独门独户，不涉及其他公共空间，没有公摊面积，修多少得多少。
商品房会涉及公共空间，存在公摊面积，得房率要远低于自建房。
10、修建成本不同
商品房综合成本更高，除了土地成本外，还有建筑成本，各种配套成本，税费成本还有房企利润。而自建房成本相对就比较简单，通常就保护土地成本和修建成本，成本要低很多。
自建房能改成商品房吗自建房一般是不可以改成商品房的，自建房和商品房的土地性质不一样，目前比较难实现自建房改成商品房。能建自建房的土地叫做宅基地，《土地管理法》第九条的规定，宅基地属于农村集体所有;而商品房指的是城市能上市交易的房屋，这种类型的房屋所使用的是城市市区土地建造的，城市市区的土地属于国家所有。而且《土地管理法》中还规定宅基地只能提供给本村村集体经济组织内部成员使用，村民只享有使用权而没有所有权，农村宅基地遵循的是“地随房走”的原则，如果自建房能改成商品房，那么便可以随意上市交易，任何人都能来购买自建房，其违背了宅基地使用权身份限制的规定，那么村集体对管辖区域内的土地合法权益就难以得到保障了。
自建房房产证怎么办理?需先向村委会提出建房申请，村委会审核同意，签字盖章;需向乡建办提出申请，乡建办同意建房;领取房屋建设申请表，经乡建办签字同意，领取产权证。具体办理方法如下：
办理自建房房产证，首先需要满足一定的条件。由于建房的宅基地需要通过审批，因此，农村自建房房产证的办理不同于城市房屋的先买房后办证，而是需要先向村委会提出建房申请，村委会审核同意，签字盖章。通过审批后，才可以建房并领取房产证。
另外，自建房办理房产证需要向乡建办提出申请，乡建办工作人员实地查看，同意建房，到乡建办领取房屋建设申请表。经乡建办签字同意、乡镇主管领导签字盖章，核实同意、交县规划建设局审批、建房户领取产权证。