朱元璋不肯传位给朱棣，而是选择立皇长孙朱允炆为太子，一是为了实行当时的嫡长子继承制，二是朱元璋综合国家发展的考虑而做出的决定。
朱元璋的长子朱标，次子秦王，三子晋王都已经过世的时候，朱元璋没有选择在剩下的皇子中选一个太子，而是将太子之位给了他的皇长孙朱允炆。这其实是一种嫡长子继承制，设立这种制度就是皇帝为了避免兄弟之间为了皇位而自相残杀，只有选择立皇长子为太子。但朱元璋的皇长子朱标英年早逝，所以朱元璋只有选择立他的皇长孙朱云文为太子，这样一来，也是符合国家规则的。
二是当时国家时常发生战乱，政治不稳定，朱元璋为了让国家能更加快速的发展，需要选择一个好皇帝来治理国家，恢复国家的面貌。在这种时候就需要一位皇帝能够综合国家现状，考虑国家的未来。但朱棣是一个好战的人。在朱元璋眼中并不适合治理国家，相反朱允炆却是一个善良仁慈的人， 能够考虑国家平民百姓的安全，是朱元璋眼中皇位继承人的最合适人选。
但根据之后的发展看来，朱元璋并没有做出一个好的决定。朱元璋的皇太孙朱允炆继位以后还十分年幼，而朱元璋的其他儿子大多都英勇善战，这是朱允炆所比不了的。所以在朱元璋死后，他的皇子们为了争夺皇位引发了很多战乱，国家也处于十分危难的环境。
朱元璋共有二十六个儿子，其中皇长子朱标早在朱元璋称帝之时便已经被册立为太子，但他不幸在洪武二十五年（公元1392年）去世；次子朱樉在洪武三年（公元1370年）被封为秦王，于洪武二十八年（公元1395年）去世；第三子朱棡被封为晋王，于洪武三十一年（公元1398年）去世。按照我们现在的逻辑来说，第四子朱棣是有继承皇位的正当理由的，毕竟朱元璋驾崩之时朱棣就是在世的皇长子啊。但是朱棣为何选择传位给皇孙而不是皇子呢？
第一、朱棣并非嫡子
尽管《燕王令旨》、《明太宗实录》以及《明史·成祖本纪》中都记载朱棣乃是明太祖朱元璋与孝慈高皇后马氏所生，但是傅斯年、吴晗等众多历史学者考证，朱棣很有可能是在即位之后下令篡改了《实录》，他的亲生母亲应该是碽妃。因为如果朱棣确实是马皇后所生的话，那么他就真的具有了继承皇位的正当理由。毕竟秦王朱樉与晋王朱棡在朱元璋眼中都很不争气，而朱棣则能文能武，颇有朱元璋的风范。
《明史》中记载，朱元璋曾经询问群臣：“燕王英武似朕，立之如何？”如果这段记载是真的，那么朱元璋计划册立朱棣的唯一理由就是朱元璋太赏识朱棣的才能了。
但是，中国古代就是一个注重礼法的社会，所谓“名不正则言不顺”，“立嫡以长不以贤，立子以贵不以长”是几千年来不可动摇的根本礼法。也就是说，不论是大宗还是小宗，能够继承皇位或者爵位的只能是嫡子。在没有嫡子的情况下，就应该立嫡孙。所以，翰林学士刘三吾曾经对朱元璋表示：“皇孙年富，世嫡之子，子殁孙承，适统礼也。”
第二、朱元璋的个人情感及长远考虑
大家都知道，太子朱标从出生之后便一直跟着朱元璋南征北战，他们父子共同经历了太多的磨难，感情非常深厚。而朱元璋也在身上倾注了大量的心血，称帝之后甚至为了皇位的平稳过渡，朱元璋对自己早年的战友们痛下杀手。而朱标也曾经是一个不负众望的理想接班人，他为人仁厚，在朝野都拥有很高的威望。他的去世对朱元璋是一个很沉重的打击，此后朱元璋又将自己的爱子之情转移到嫡孙身上。
从另一方面来讲，雄才大略的明太祖朱元璋自然很清楚，以武力征服天下，却必须以文治坐稳江山，所以，他的接班人不应该是一个过于强势、过于看重武功的人。大明江山建立之后，最重要的就是与民休息，以图长治久安。
第三、大臣们的意见
在之前文章中，国史君（国史通论）曾经讲到汉朝初年陈平、周勃等人荡平诸吕之后，没有拥立能力出众，并且在铲除诸吕的过程中立功最多的齐王刘襄，而是拥立了低调甚至看似软弱的代王刘恒，其根本原因就是大臣们不希望自己将来的顶头上司过于强硬。明朝的大臣们同样有这种小算盘——如果军旅出身的燕王朱棣成为下一任皇帝的话，大臣们仍然天天担惊受怕，唯恐自己就是下一个被清算的人。
所以，朱元璋最终选择的还是仁义平和的皇孙朱允炆，并在他身边安排了大量的可以守成之臣。
我觉得主要是朱棣他并不是嫡长子，虽然当时太子、秦王、晋王都去世了，他是当时最大的一个皇子，但他并不是嫡系所生。在《明史·成祖本纪》中记载朱棣是朱元璋和马皇后所生，但是后来史学家进行多方面考证得出这很可能是朱棣他在位的时候篡改了历史，他的亲生母亲其实是一个妃嫔。
如果朱棣他真的是马皇后所生的话，他肯定是具备继承皇位的正当理由的，当时秦王和靖王在朱元璋的眼里都是很不争气的，而朱棣是一个有才能的人能文能武，他是一个最合适的人选。但当时的风气是一个注重礼法的，有所谓的“立嫡以长不以贤，立子以贵不以长”，当时的大环境就是使得在没有嫡子的情况下就应该立嫡孙。
朱元璋他从本人的情感上是特别喜爱太子朱标的，他和朱标有着深厚的感情，在朱标的身上也倾注了大量的心血。为了能够给日后朱彪的统治提供保障，朱元璋还杀害了很多为他开国的大将。而朱彪本人在朝廷中也是很有威望的，他也是很有才能的，但是后来朱标他因病去世了，这给朱元璋一个重击，之后他就把对待朱标的情感寄托到朱彪的亲儿子也是自己的嫡孙身上。
朱元璋也觉得一个治理天下的人不能过于强势，不能过于看重武功，将来的明朝是需要修身养性，需要一个安稳的环境的，所以他觉得朱棣不是一个好人选。文武百官他们其实也是挺推崇朱允炆的，那些大臣觉得朱棣过于强硬，如果他当了皇帝的话，自己在他的手下得每天担惊受怕，所以为了日后更好的生活，他们就推极度推崇皇孙朱允炆。