无籽番茄的培育过程并不复杂：我们知道，果实是由植物的子房发育而来的。其中，子房壁发育成果皮，子房壁内的胚珠发育成种子，而胚珠中的珠被发育成种皮。注意，与我们平时的习惯不同，这里所说的果皮实际上是指我们食用的果肉。因此，要想得到无籽番茄，就必须直设法直接由子房壁发育成果皮，而不形成种子。我们又知道，
植物激素中的
生长素可以促进果实的发育，而种子的形成需要经过受精作用。无籽番茄的培育也就是根据这样的原理实施的。在未传粉之前，在雌蕊的柱头上涂上一定浓度的生长素即可得到无籽番茄。
需要注意的是，上面的“涂上”和“一定浓度”两个字眼，因为生长素对植物的生长具有两重性，也就是说，低浓度的生长素促进植物生长，而高浓度的生长素就会抑制植物的生长。
由上面的培育方法可以看出，无籽番茄与
无籽西瓜不同，无籽番茄的遗传物质并没有发生改变，因而所培育出来的无子番茄的基因型和其母本是相同的，因此，这种无籽的性状是不能遗传的。若需要更多的无籽番茄，就必须年年按上述方法培育，并且每一植株上的每一朵花都需经上述方法处理。