根据深圳轨道交通四期规划(2017-2022)将有三条地铁线路预东莞地铁对接，分布是深圳地铁6号线对接东莞R1线，深圳地铁11号线对接东莞3号线，深圳地铁20号线对接东莞2号线，预计2017年开始动工，更多详情点击查看本文。
深圳地铁拟建11条线路
根据深圳市城市交通规划设计研究中心有限公司网站发布了《深圳市城市轨道交通第四期建设规划(2017-2022)(首批项目)环境影响评价第一次信息公告》：
其中提出近期拟建设城市轨道交通6号线支线(荔林至中山大学，预留与东莞R1线衔接条件)、8号线二期(小梅沙至大鹏，在葵涌预留衔接16号线条件)、10号线二期(福田口岸至福田保税区，在保税区相关政策允许的情况下适时建设)、11号线二期(福田至上海宾馆，预留东延条件)、12号线(左炮台至国际会展中心，预留北延条件)、13号线(深圳湾口岸至公明北，预留北延至松山湖条件)、14号线(福田中心区至坪山/坪地，坪山方向线路与惠州轨道6号线衔接)、15号线(西乡至前海)、16号线(大运新城至田头)、17号线(罗湖火车站至平湖)、20号线(T4航站楼至空港新城，预留与东莞R2线衔接条件)等共11条(段)线路。轨道4期首批线路总长274.3公里，其中地下段251.1公里，高架段仅有23.2公里。
深圳轨道交通四期规划：未来衔接东莞惠3条地铁线路图
一、6号线支线 荔林至中山大学 预留与东莞R1线衔接条件
地铁6号线一期工程起自深圳北站，终到松岗站，是光明新区首条地铁线路，现在已经开工建设。地铁6号线二期工程起自深圳北站，终到科学馆站，已经纳入今年开工计划，该线路建成后将成为中部跨梅林关第二条轨道线路，缓解地铁4号线早晚高峰客运压力。
6号线支线拟纳入轨道4期建设，从荔林站到中山大学站，不仅可以覆盖中山大学深圳校区，还实现了与东莞地铁的接轨。
深圳地铁6号线与东莞1号线对接站点：荔林站
根据深莞两市轨道线网规划，深圳地铁6号线将与东莞轨道交通1号线衔接，在荔林站预留了与东莞1号线站厅换乘的条件
深圳地铁6号线最新进展：2016年6月全面开工 2020年5月开通运营
轨道6号线工程石岩站于2016年3月完成房屋征收工作;大石区间于2016年8月完成房屋征收工作，石上区间于2016年5月完成房屋征收工作;上屋北站于2016年3月完成房屋征收工作;上长区间于2016年3月完成房屋征收工作。预计，轨道6号线工程于2016年6月份全面进场开工建设，2018年8月30日全线桥洞贯通，2020年5月底开通试运营。
6号线南延(深圳北-科学馆)
深圳地铁6号线二期线路图
深圳地铁6号线南延线(深圳北至科学馆)，6号线南延线由既有6号线深圳北站引出，沿新区大道、上步路敷设，到达科学馆站。全长约11.5公里，设站6座，投资约77亿元。预计今年6月底开工，2020年底与6号线同步建成。