食用菌是高等真菌中可食种类的总称，是一类具有大型肉质或胶质的子实体的可食真菌，分别属于真菌界的子囊菌门和担子菌门。约有95%的食用菌是担子菌，少数属于子囊菌（如羊肚菌、块菌、虫草等）。据统计，目前全世界已记载的食用菌超过2000种。我国的食用菌资源十分丰富，种类繁多，已知1200多种，已栽培100多种（卯晓岚，2008）。
包括食用菌在内的真菌属于多细胞真核生物。多细胞真核生物包括三个界，它们是光合自养的植物界、摄食营养的动物界和以吸收方式获取营养的真菌界。
食用菌通称蘑菇，中国古代把生长在木上的蘑菇称作“菌”，而把土中生长的称作“蕈”。由于“蕈”在汉语里有泛指能产生子实体的大型真菌之义，故现在也常将蘑菇称为“蕈菌”。日文汉字中则用“菌蕈”作为蘑菇的同义词。