“三证合一”登记制度是指企业登记时依次申请，分别由工商行政管理部门核发工商营业执照、组织机构代码管理部门核发组织机构代码证、税务部门核发税务登记证，改为一次申请、合并核发一个营业执照的登记制度。
“三证合一”最终目标是实行“一照一号”模式，通过“一口受理、并联审批、信息共享、结果互认”，将由三个部门分别核发不同证照，改为由一个部门核发加载法人和其他组织统一社会信用代码的营业执照。
1.三证（多证）合办模式：“三证合办”模式亦称并联审批模式，采取该模式的有上海、内蒙古和哈尔滨等19个省市。这些省市或由工商窗口或由行政服务大厅窗口统一收件，收件后或通过政府部门内部的公文流转方式或通过信息共享方式进行申报信息的流转和共享，完成并联审批后再由指定窗口统一发放三证。这种并联审批虽给企业带来便利，避免了申请人在多个部门之间往返奔波；但也增加了政府的工作量，部分省市甚至专门增设了新的机构，相关审批工作并没有合并和减少，这种做法相当于企业做了减法，政府做了加法。深圳在此基础上作了进一步探索实现了营业执照、组织机构代码证、税务登记证和刻章许可证的“四证合办”，并依托信息化手段进行了更为彻底的合并审批，全程只需一次审核，大幅减少了四证管理部门的工作量和工作难度，无论是企业还是政府都做了减法。
该模式考虑到现有的法律框架和登记格局还未改变，因此主要通过梳理业务流程，完善信息系统，为企业提供便利，同时缩短了办证时限。但由于法律层面的限制，没有实现证照的整合。[4]
2.一证三号（多号）模式：采取该模式的有辽宁、湖北和江苏等9个省市。其中辽宁提出在营业执照上打印注册号、组织机构代码和税务登记号三号。国地税号码不同的省市，甚至出现了一证打四号的现象。湖北在此基础上进行了进一步改进，设计出联合证照，取代原有三证，在联合证照上打印三号，加盖三个单位的公章。
该模式虽然实现了现有证照的整合，但这种简单的整合带来三个问题：一是没有解决新证照的法律效力问题，给企业到试点地区外办事带来不便；二是多号标识问题。早在1989年国家就确立了以组织机构代码为法定标识的统一代码标识制度。在一个证照上打印多个号码，直接造成标识的混乱，在统一标识问题上走了回头路；三是证照问题。对于营业执照不能覆盖的其它组织，代码证和税务证仍需发放，这给后续应用部门带来不便。
通过现有两种模式的比较可看出，两种模式都未能很好地满足改革要求，均处于过渡阶段。
3.“三证合一”最终目标是实行“一照一号”模式，通过“一口受理、并联审批、信息共享、结果互认”，将由三个部门分别核发不同证照，改为由一个部门核发加载法人和其他组织统一社会信用代码的营业执照。