2003年7月经江苏省人民政府批准由南京航运学校和南京海运学校合并升格组建的一所全日制普通高等院校——江苏海事职业技术学院，并在江宁大学城另建新校区。南京航运学校这个名字从此退出历史舞台。
江苏海事职业技术学院现有江宁,秦淮（原白下）和板桥等三个校区。
江宁校区是江苏海事职业技术学院的主校区，位于南京江宁大学城，地址：江苏省南京市江宁区格致路309号。
秦淮校区是原南京海运学校校址，现为江苏海院伯利兹科技园，地址：江苏省南京市秦淮区白下路273号。
板桥校区是实践教学基地，地址：江苏省南京市雨花台区雨花经济开发区大胜关。