实际上，如来早就知道谁是真假孙悟空，并不是通过外形看出来的。目的就是想试探孙悟空取经是否真心。
推理理由：
六耳猕猴就是假悟空，并非跨省从外地跑来的一个假猴子，其实就是悟空的分身，是他的另一个自己。
两猴打往灵山的时候，如来一眼就看出真相，对众神说，你们都是一心，且看二心争斗来也。这也说明，如来也是认同两个猴子为一体。
当着众神如来为何却要假称有六耳呢？真正原因，是六耳也就是孙悟空的另一个分身打了唐僧一棒子，还抢了经书到花果山，要自己组建取经队伍，要把唐僧踢出局。
如果如来指明，这假猴子就是孙悟空，那就是说，孙悟空不仅棒打师父，还擅自改变如来安排，将如来徒弟请出局，自己组团上西天，那可是大逆不道，欺师灭祖！
因此，如来无论如何是不能说明真相的，这也是观音、李天王甚至谛听看破不说破的真正原因。所以，如来假借了一个六耳猕猴的身份来警告悟空，此事你知我知，就不要瞎胡闹了！孙悟空一看如来识破了真相，赶紧把自己的二心打死了。
可见，如来识别真假美猴王的真正标识并非六只耳朵，而是孙悟空的猴心！这才是最高明的办法。
作品简介
《西游记》是中国古代第一部浪漫主义章回体长篇神魔小说。
这部小说以“唐僧取经”这一历史事件为蓝本，通过作者的艺术加工，深刻地描绘了当时的社会现实。全书主要描写了孙悟空出世及大闹天宫后，遇见了唐僧、猪八戒、沙僧和白龙马，西行取经，一路降妖伏魔，经历了九九八十一难，终于到达西天见到如来佛祖，最终五圣成真的故事。
吴承恩杰出的长篇神魔小说《西游记》以唐代玄奘和尚赴天竺学习佛教的经历为蓝本，在《大唐西域记》、《大唐慈恩寺三藏法师传》等作品的基础上，经过整理、构思最终写定。
《西游记》也是中国神魔小说的经典之作，达到了古代长篇浪漫主义小说的巅峰，与《三国演义》《水浒传》《红楼梦》并称为中国古典四大名著。
首先得搞清楚你怀疑问题的对象是谁?你不是怀疑悟空或六耳倒底是谁死了，而是怀疑佛祖有没有能力解决这个问题?也就是说，你怀疑的主体对象是佛祖，并非真假悟空。
佛在菩提树下开悟，证知宇宙一切真理，苦要细述佛祖之智慧，恐我磨平千尺笔墨也无法尽述其理，故而你若与佛有缘，可选观佛祖留下的经卷以解疑惑。
下面，我粗略将此疑问回答。
修佛之人，从初到终，心的变化无处不在，有时善念，有时也会恶念重生，甚至邪淫，偷盗之念也有，可以说，妄念，正念，邪念，相互交织。
悟空虽然跟随三藏取经，但正邪之念相互作用，因在棒杀土匪一事上与三藏不和，因而有了二心。
六耳属四大灵猴之一，据佛祖所言，此猴:“善聆音，能察理，知前后，万物皆明。”也就是说，六耳可在千里之外听到一切声音，并能分辨出那些对己有用，哪些对己无用，能知哓世间的一切人情世故，也能通过察颜观色，而知人心变化，知哓以前发生的事，也会判断出将要发生的事，明白世间万物的一切因果联系，拥有特别强大的智慧之光。
正因为有了如此神通，对悟空与三藏之间的心事转化，矛盾的生成有了乘隙而入的机会。
六耳与悟空之战难分胜负，从侧面证明了悟空与六耳在神通智慧上本具一根，只是人心的两个方面。
而降伏起伏不定的心，随境而转的心，单靠神通智慧也无法明心见性，而要真正的与佛一心，方可舍妄归真，达到一心不乱，明性成佛。
而佛祖的修道之路，也是由此而来。二猴在西天见过如来之后，也就是说见（证悟）到了自己的本来面目，打死六耳，意指六根，方可一心归真，直至成佛。
由此可知，如来定可分辨出孰真孰假。也由此知，不能观照自己的本来面目，不能明心见性，你所见到的，听到的，想到的，感受到的，嗅到的，尝到的，一切事物，也未必都是真的。
如来是通过假孙悟空的本领和行为识别真假孙悟空的。
小说原文：
如来道：我观假悟空乃六耳猕猴也。此猴若立一处，能知千里外之事，凡人说话，亦能知之，故此善聆音，能察理，知前后，万物皆明。与真悟空同象同音者，六耳猕猴也。” 【那猕猴】闻得如来说出他的本象，胆战心惊，急纵身，跳起来就走。……………大众一发上前，把钵盂揭起，【果然见了本象，是一个六耳猕猴】。孙大圣忍不住，轮起铁棒，劈头一下打死。
《西游记》中有一难是真假孙悟空，真孙悟空打死半路抢劫的土匪，唐僧迂腐，责怪孙悟空杀生，念紧箍咒惩罚孙悟空，气走真孙悟空。假孙悟空变成真孙悟空打晕唐僧，抢走唐僧行李回花果山称王。
真孙悟空去南海观世音菩萨那儿诉苦，沙僧为唐僧报仇去花果山遇见假孙悟空，假孙悟空令3个小妖猴变成唐僧，八戒，沙僧模样，准备自己拿着唐僧行李通关文牒去西天取经。沙僧打不过假孙悟空就去南海找观音菩萨帮忙，又遇见真孙悟空，以为他是假孙悟空，孙悟空在观音大师面前辩解一番后，沙僧和真孙悟空一起去花果山找假孙悟空算账，结果在花果山真假孙悟空打个平手，结果沙僧分不清谁是真孙悟空，谁是假孙悟空，两个孙悟空就去天庭闹腾要求分清真假。
照妖镜分不清真假，去南海观世音菩萨那儿，观世音菩萨也看不出真假，去地府阎王那儿也查不出真假，地藏王菩萨的坐骑谛听明明知道真假不敢说，怕他们在地府大闹，两个孙悟空就去西天如来那儿要求辨真假。
如来通过上面那段话说出假孙悟空真身，假孙悟空欲逃走，被如来用金钵盂盖住，现出原形，被孙悟空一棒子打死。这就是真假孙悟空的故事。
你好，在《西游记》真假美猴王中。孙悟空和六耳猕猴真假难辨，唐僧，猪八戒，沙僧和天上的众班神佛，观音，都没有办法分辨孙悟空的真假。帝听虽然可以听的出来谁是孙悟空，但是它比较滑头，并没有说出结果，两个人没干啥，只能去玉帝那里辨真假。
西游世界中，观音菩萨不仅仅是佛派的一个菩萨，她还是仙界五方五老之一，地位与如来相等。并且，观音乃是取经行动的分管领导。孙悟空正是观音的直接下属。如来要想最大可能地团结观音，就必须最大限度的尊重观音的意见。
观音也是人精，立刻说：“前日在弟子荒境，委不能辨。他又至天宫、地府，亦俱难认。特来拜告如来，千万与他辨明辨明。”
观音的话很简单，却传递出几个非常重要的信息。
其一、真假美猴王一事，牵连甚广，人间、天庭、幽冥三界仙人都已经知情，如来你做出判决时，千万要慎重。其二、观音、天庭、冥界都表示无法分辨真伪，裁定权交给如来。至于原因，如来你自己想个借口。
听闻观音如此说，如来很满意。观音此举，无异于在天地人三界中，给如来佛做了一个超级大广告。就连玉帝也分不清真假美猴王，可是，他如来佛能够。
至于理由嘛，很好找：“汝等法力广大，只能普阅周天之事，不能遍识周天之物，亦不能广会周天之种类也。”
然后如来就与观音一问一答，一唱一和，说明假悟空乃六耳猕猴。假悟空听如此说，立刻准备逃跑，被如来用金钵罩住。孙悟空将其一棒打死，彻底了结此事。
大家看看，此前如来认为真假美猴王，乃是孙悟空有了二心。假悟空乃妄念所化。可是，后来如来却宣布，假悟空不是二心，乃是天地间四大灵猴之一的六耳猕猴所化。
之所以观点变化，就是因为孙悟空，尤其是观音强调：她、玉帝、冥界都已经认定，有一真猴王，有一假猴王。真的假不了，假的真不了。既然有真假，就必须去假存真。
假猴王被打死后，如来吩咐孙悟空回去。孙悟空却不肯走，要求如来把紧箍咒念念，收掉箍儿，好逍遥自在回花果山做美猴王。
如来佛说：“你休乱想，切莫放刁。我教观音送你去，不怕他不收。好生保护他去，那时功成归极乐，汝亦坐莲台。”
如来知道假悟空的来历，假悟空慌了，自己往外逃，被如来的钵子盖住，真悟空一棒打杀了假悟空。
如来当时说有四猴混世，第一种是灵明石猴，也就是孙悟空；第二种是赤尻马猴；第三种是通臂猿猴；第四种是六耳猕猴，也就是假孙悟空。
你一看这原著貌似懂了，这假悟空听如来说出了他是六耳猕猴，是假的孙悟空，害怕了，想跑。
如来判断的依据应该是这两种。
第一，是根据经验判断的。
第二：只有如来和谛听知道，这四种灵猴唯一的不同就是猴毛数量不同，谛听懒得数，如来也懒得数，因为他以前数过！所以诈出六耳猕猴！
如来道：“第一是灵明石猴，通变化，识天时，知地利，移星换斗。第二是赤尻马猴，晓阴阳，会人事，善出入，避死延生。第三是通臂猿猴，拿日月，缩千山，辨休咎，乾坤摩弄。第四是六耳猕猴，善聆音，能察理，知前后，万物皆明。此四猴者，不入十类之种，不达两间之名。我观假悟空乃六耳猕猴也。此猴若立一处，能知千里外之事，凡人说话，亦能知之，故此善聆音，能察理，知前后，万物皆明。与真悟空同象同音者，六耳猕猴也。”