一般于5月上、中旬，植株基本枯萎时挖收。起挖时要小心，不要把鳞茎挖伤，挖出立即洗净。把较大的鳞茎掰下鳞片，挖出心芽，加工成元宝贝，挖下的心芽加工成贝蕊；较小的鳞茎不去心芽，加工成珠贝。
将分好的各档贝母分别放入特制的木桶里，木桶形态似船，长1米，宽0.5米，高约0.3米，木桶悬挂于三角架上，每次装20～25千克，由两人各在一边来回推撞，使桶内贝母相互摩擦，经15～20分钟，表皮大部分脱落，浆液渗出时加入石灰，每50千克鲜贝母约加石灰1.5～2.5千克，继续推撞15分钟左右，使贝母全部沾满石灰为止。一般在上午起挖，下午去皮，掺石灰推撞，然后将贝母放入竹箩内过夜，使石灰渗入贝母内，第二天取出曝晒3～4天，再装入麻袋，放置1～3天，让内部水分渗到表面，称“发汗”，再晒1～2天就可晒干。如遇阴天，应把贝母摊放在通风处阴干或用炭火烘干，但火力不宜过猛，要经常翻动。
在晒的过程中，每天都要用孔径5毫米的筛子，将石灰、碎鳞片等杂物筛出，干燥的标准是将贝母折断时松脆，断面白粉状，颜色一致，如断面还有玉色的说明未干，还需再晒。经这样加工的商品质量好，符合标准。一般3～3.2千克可加工成干货1千克，若方法不当，则需4千克才能加工成1千克，667米2产干货200～300千克。
有些新产区加工时不去皮也不加石灰，采用硫磺熏后再晒干，这种方法由于不去皮，浆汁流失少，出干货比传统的加石灰法高6%～7%。这种方法比较简单容易掌握，但对药效有无影响，尚需进行研究。