梨树的根系通常由主根、侧根和须根组成。主根是由种子胚根发育而形成的，在主根上着生的各级分枝叫做侧根；主根、侧根都是骨干根，根系的固定、贮藏功能主要靠骨干根。侧根上形成的较细的根称为须根，是根系最活跃的部分，根系的吸收、合成、转化功能主要靠须根完成。须根按其功能与结构又可分为四类：生长根（或称轴根），是根向土壤深处或远处延伸的部分，生长快，较粗，有永久性的和临时性的，一般呈白色，有吸收功能；吸收根，主要功能是吸收，并将吸收的物质转化为有机物或向外运输，一般是白色；过渡根，多由吸收根转变而来，有的在一定时期内死亡，有的转变为输导根；输导根，随时间而加粗，起输导水分和各种营养物质的作用。
梨实生苗主根发达，出圃起苗时，主根常折断。梨苗成活后，断口上部发生新根，新根生长快的，代替主根向下延伸而形成垂直骨干根。垂直根向下生长，逐年减弱，长到一定深度时，不再延伸，有时甚至死亡。上层侧根生长强的，发育为侧根和骨干根，弱的发育为须根。在侧生骨干根中，向水平方向延伸的，形成水平骨干根。当垂直骨干根停止伸长或死亡时，则侧生骨干根中开张角度小的和水平骨干根上向下生长的副侧根与垂直骨干根共同形成下层土壤中的根系。
梨树的根系一般入土较深，垂直根分布2～3米左右，水平根分布一般为冠幅的2倍左右，少数可达4～5倍。初果期植株的根系集中分布约在20～40厘米深土层内，距干较近，在1米内外。盛果期则根系分布较深、较远。根系分布的深广度和疏密程度，常与品种、砧木种类、土层深度、土质结构以及地下水位、地势和栽培管理等有较大的关系。在土质疏松、深厚、少雨的西北黄土高原地区，杜梨根可深达11米以上。日本学者川口研究了27年生长十郎的生长情况，结果表明其树形与根系的分布有密切的关系。日本平田对18年生长十郎的研究结果表明，棚架式与直立式树形在根系分布上有区别，棚架式主根长2.9米，直立式树根长5.8米。
总之，梨树根系一般多分布在肥沃、疏松、排水良好的土层中。在20～60厘米之间根系分布最多，80厘米以下较少，150厘米处则更少。水平分布则愈近主干，根系愈密，愈远则愈稀。树冠以外的土层中根显著减少。
梨的根系生长在年周期中一般有两次高峰。春季萌芽以前根系开始活动，以后随温度上升而转旺，到新梢转入缓慢生长后，根系生长增强，新梢停止生长时，根系生长最快，形成第一次生长高峰。以后生长逐渐缓慢，到果实采收后，根系生长又增强，出现第二次高峰。后随温度的下降而进入缓慢生长期，到落叶后，根系生长逐渐停止，进入冬季休眠。梨树根系在5～6月份第一次生长高峰形成的春根，与9～10月份第二次生长高峰形成的秋根，在数量、形态和功能上有差别。春根形成的数量比秋根大，分枝多而较细，它的吸收功能与叶的同化作用和果实的增大有着直接的关系。而秋根数量虽少，但它保持吸收机能的时间较长，甚至到来年早春也能吸收水分和养料，这样就保证了秋季叶的同化能力、树体营养物质的积累，并为来年春根的生长、树体萌芽、开花、坐果和幼果的细胞分裂、新梢生长等提供营养基础。因此，在果园管理上应注意秋季施肥，促进秋根的发生，使来年春季土壤中有足够的养料供根吸收，从而促进地上部分健壮生长。梨树根系的年生长活动因地区或年份气候不同，可以提前或推后；又随树龄大小、树势强弱而有变化。幼树、旺树在春季萌芽前到新梢旺盛生长前，可有一次生长高峰。品种不同也有一定的差别，日本千叶县农业试验场的研究结果表明幸水和长十郎在一年内新根发生的季节有一定差异。