深圳社保三档的主要区别体现在缴费、就医和报销三个方面：
首先，缴费标准有所差异。对于参加医保一档的职工，每月的缴费是根据其月工资总额的2%或2%，其中，单位缴纳2%或2%，个人也缴纳2%。而基本医疗一档（单位6%+个人2%）与地方补充医疗（单位0.2%）的缴费，基数是员工的实际缴费工资，最低为3632元，总费用为298元。
其次，就医原则有所差别。一档医保的职工享有更大的自由度，可选择任意医疗机构就医，享受较高的医疗待遇。然而，二档和三档的就医规则则要求按照指定的医疗机构进行。
最后，报销比例和使用门槛也是区分三档社保的关键。一档的职工每月有到账金额，而二三档则没有此待遇，这在报销比例和使用条件上存在显著的差异。
总结来说，深圳的社保一档、二档、三档在缴费、就医和报销政策上各有特点，选择适合自己的档次是确保最佳医疗保障的关键。每个人应根据自身的实际情况来决定最适合的医保类别。