澳门通行证应当在公民所在地公安局的出入境管理处或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。
办理时要提供本人居民户口簿及复印件、居民身份证及复印件、一张小2寸半身免冠数码照片，除了照片之外其他都需要先准备好复印件，需要注意的是，首次办理港澳通行证的必须由本人亲自办理，办理之后两周左右可以领取证件。
法律依据：第十一条：海外华侨、港澳台同胞凭有效证件向有关省、自治区、直辖市公安厅、局，或者县、市公安局申领《边境通行证》。
办理港澳通行证注意事项
1、如果是首次申请《往来港澳通行证》及签注，办理时间在15个工作日内完成；再次申请签注的，10个工作日内完成。
2、办证时应带上本人身份证、户口簿原件和复印件，以及两张照片，到户口所在地的公安机关办理。
3、除了亲自到公安部门办理之外，还可以通过登录公安厅出入境政务服务网在网上申请签注，只要在领取签注时一并出具所需材料和证件就可以了。
4、《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。