真是蛮有趣的一个问题，这四个组织中谁权力最大不好断言，但权力最小的那个肯定是六扇门。
明朝的六扇门到底是何种组织至今依旧众说纷纭，有的认为六扇门是明朝末年一个由捕快组成的，与江湖道门势力有很深来往的特殊官方机构，它类似于今天司法部门的重案组和反黑组。也有的认为所谓六扇门其实就是对明朝衙门的统称，因为任何明朝衙门都有正门、仪门、宅门三门。但是不管六扇门是何组织，它都是受官僚机构管辖的，是在正规的司法体系之下的。
东厂、西厂、锦衣卫这三个组织都是明朝特有的特务组织，它们都只对皇帝负责，拥有独立于司法体制之外的拘捕权、审判权和羁押权。因此它们都是大权在握的特殊部门，地位都凌驾于一般的官僚机构之上。所以居于正常司法体制下的六扇门，是没有资格与它们相提并论的。
至于东厂、西厂、锦衣卫这三个机构谁的影响力更大，我们来简单的看看这三个机构的历史，从中就能看出端倪来了。
锦衣卫本身是皇帝的车马仪仗队，早在元代时便已经存在，保卫皇城、扈卫皇帝出行是它本来的职责。明朝的缔造者朱元璋为了清除功臣方便，赋予了锦衣卫独立于司法体制之外的拘捕权、审判权和羁押权，将它从一个保卫机构变成了特务组织。由于锦衣卫本身就有相应的体制，所以这个组织很容易扩大，因此锦衣卫是明朝特务组织中规模最大的特务组织，最多时高达15万人之巨！
锦衣卫的主官锦衣卫指挥使，都是由皇帝的亲信武官出任。锦衣卫其实并没有因为改朝换代而消失，清朝进入北京城后的第二年，也就是顺治二年（公元1645年），清廷收回了锦衣卫的司法特权，将它重新降格为了原先的保卫机构。
东厂是朱棣于永乐十八年(公元1420年)设立的一个由太监掌控的特务组织，它的诞生很可能与同年的唐赛儿起义有关。由于不堪忍受修建北京城的沉重徭役，山东白莲教在佛母唐赛儿率领下发动起义，虽然这次起义很快被明朝政府镇压下去，但是诡异的是，这次起义的主要领导者们都人间蒸发不知所踪了！
由于缇骑遍天下的锦衣卫无法找出唐赛儿等起义领导者的藏身地，这让朱棣对锦衣卫的忠诚产生了怀疑，所以他又设立了东厂。东厂设立之初，为了避免特务头子权力过大，朱棣明确下令两个机构互不统属。
由于东厂的规模一直都比锦衣卫要小得多，所以除了王振、刘瑾、魏忠贤三大权阉时期，锦衣卫指挥使主动谄媚从属于东厂之下外；由于规模效应的影响，东厂的实际影响力在大多数时候是不如锦衣卫的，东厂督公大多数时候是被锦衣卫指挥使压一头的，这里面最典型的例子就是陆炳了。
由于《明朝那些事》里东厂督公压制锦衣卫指挥使的结论流传甚广，让很多读者误以为锦衣卫指挥使在明朝的中后期压制东厂督公十分罕见，其实真实情况恰恰相反。
西厂是明朝自朱棣时期开始宦官势力不断壮大的一个畸形产物，成化十三年（公元1477年）明宪宗为了打击官僚势力，他用愣头青（这第一位西厂督公上任时可能还不到20岁）汪直设立了西厂。汪直按照明宪宗的指示抓捕官僚屡兴冤狱，他在为明宪宗办事的同时也成功地将所有的仇恨吸引到了身上。所以当明宪宗觉得汪直的胡作非为威胁到了自己后，便于成化十八年（公元1482年）将汪直流放出京，同时撤销西厂。西厂在汪直的经营下，一度规模超越了东厂，因此汪直时期的西厂比之东厂更胜一筹。
明武宗这个人很爱玩，所以他的玩伴中有八个太监很出名并称‘八虎’。明武宗为了让这些玩伴们都能有所任职，便于正德元年（公元1506年）重新设立了西厂，用八虎之一的谷大用为西厂督公。但是正德五年（公元1510年），由于刘瑾的逆案影响，西厂又被裁撤掉从此以后未再重设，而且明武宗时期的西厂影响力明显不如东厂。
所以锦衣卫、西厂、东厂这三个机构之间没有任何统属关系，它们之间谁的老大更受到皇帝青睐，谁就比其它两家更威风一些，但是它们的层级是相同的。之所以现在会觉得它们之间有高下之分，这是因为影视作品的艺术加工带来的错觉。
不过明朝确实有一个最厉害的特务机构——内行厂。
这个设立于正德元年（公元1506年），由明武宗麾下八虎之首刘瑾掌控的特务机构，明武宗明确赋予了它监督锦衣卫、东厂、西厂的职权，所以它才是明朝特务机构中最厉害的那个王者。不过随着正德五年（公元1510年）刘瑾事发，这个内行厂就被撤销掉了，前后只存在了不到五年时间。由于皇家对内行厂的事情十分忌讳，所以内行厂的资料基本都被抹消掉了。