贞观十七年（643年），太子
李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在
东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫。侯君集觉得李承乾无能，担心重演
李建成的悲剧，于是劝李承乾谋反。侯君集与李承乾谋划好之后，担心计划泄漏，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，对侯君集说：“你是国家大臣，每天晚上这样，一定是有什么事。如果你做了什么对不起国家的事，应该自己到皇上面前去领罪，这样才能保全自己。”但侯君集没有听妻子的话。
而后李承乾谋反的事情败露，坐罪被废，贺兰楚石又将侯君集与李承乾一起谋划的事告诉
李世民。李世民觉得侯君集有安定国家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣进谏说侯君集的罪天地难容。李世民非常难过，将侯君集处死。临死前，侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧。李世民同意后，将其妻儿流放岭南。
据《三水县志》记载，侯君集墓在三水县鸡阜山巅，现已被毁。