农业综合执法大队职责主要是承担县农业局牵头组织、指导、协调全县农业综合执法，具体如下：
1、贯彻执行国家有关农业农村方面的法律、法规、规章和政策规定；代拟全县农业综合行政执法工作方面的规范性文件、总体规划和年度计划，并组织实施。
2、具体承担全县种子、肥料、农药、兽药、饲料和饲料添加剂、畜牧兽医、生猪屠宰、动物卫生监督、农产品质量安全、农业转基因生物安全、耕地质量、农业机械、植物检疫、渔业渔政、农村宅基地、基本农田利用保护、农业环境保护等方面的农业综合行政执法工作。
3、组织或配合农业联合执法、交叉执法行动；依法查处上级交办、相关单位移交、乡镇移送及群众投诉举报的违法案件。
4、负责对乡镇农业综合行政执法工作进行指导、协调、监督和考核。
5、负责农业行政执法和刑事司法工作衔接，移送涉嫌犯罪案件。
6、负责全县农业综合执法体系建设工作；负责组织全县农业综合行政执法方面法律法规宣传和培训等工作。
7、负责建立全县农业综合执法的数据共享机制，为行政决策、审批服务和行业监管提供支持。
8、承担上级交办的其他工作。
农业综合执法大队内设机构
执法综合科：负责执法大队日常工作；组织开展全市农业综合行政执法体系建设；参与农业行政处罚听证、行政复议、行政诉讼及理赔案件的办理工作；负责农业执法办案指导，协调执法机构内部联合办案、跨区域办案、案件司法移送等工作。
农村建房执法中队：负责农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准、非法占用土地建住宅等方面的执法工作，行使上述领域行政处罚权以及与之相关的行政检查等执法职能。
农资农机执法中队：负责农药、种子、化肥等农业投入品以及农机、农产品质量、农业资源、植物新品种保护、野生植物保护、农业转基因生物安全、耕地质量、植物检疫、露天焚烧农作物秸秆等方面的执法工作，行使上述领域行政处罚权以及与之相关的行政检查、行政强制权等执法职能。
畜牧渔政执法中队：负责兽医兽药、动物卫生监督、动物防疫、生猪屠宰、畜产品质量及兽药、饲料、饲料添加剂、畜牧业投入品以及渔业、渔政等方面的执法工作，行使上述领域行政处罚权以及与之相关的行政检查、行政强制权等执法职能。