一、发展方向不一样。
财务审计偏向于企业会计报表审计，管理审计偏向于发现管理制度中的问题。
二、内容不一样。
1、会计硕士专业学位又称专业会计硕士（Master of Professional Accounting，简称MPAcc）是经教育部、国务院学位办批准设立的一种专业学位。专业代码为125300。
2、审计硕士专业学位英文名称为Master of Auditing，专业门类：025700。审计硕士专业学位培养目标是：
培养具备良好的政治思想素质和职业道德素养，系统掌握现代审计学基本理论及相关领域的知识和技能，具有开阔的国际视野、较强的专业能力、能够创造性地从事审计工作的高层次、应用型审计专门人才。
三、初试分数线不一样。
不同学校有着不同的分数线，一般会计硕士比审计硕士分数线高一些。
参考资料来源：百度百科—审计硕士
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