如韦斯布罗德所言，市场、政府、非营利组织都是满足个人需求的手段。既然只是手段的一种，我们就没有理由期望非营利组织能解决所有问题。在把公共物品供给作为非营利组织的核心功能的前提下，非营利组织失灵的主要涵义就是该项功能的缺失或无效率。具体而言，就是指非营利组织偏离了奉行社会公益或共益的宗旨，片面地以功利主义为去向的信念、行为给消费者、社会、生态所带来的负效应。
在描述当代非营利组织失灵现状时，萨拉蒙教授提出了“志愿失灵”理论，归纳出非营利组织的三个危机：第一，财政危机。一方面政府无法对所有的非营利组织提供财政资助，另一方面仅靠传统的私人募捐越来越难以支撑组织的运作。第二，经济危机。由于政府的放权，营利部门愈来愈多地参与到非营利组织的传统活动领域中来，如教育、医疗、救济等等，这让非营利组织雪上加霜。第三，信任危机。因为腐败内幕的频频曝光，非营利组织公正廉洁的公益形象也面临丧失的危险。约翰·郝克斯则实证列举了美国的非营利组织存在的重大问题：滥用减免特权，名不符实；行政费用过高；贪污腐败；不公平竞争；涉足党派政治等等。此外还有里贾纳·E·赫茨琳杰的观点，她认为非营利组织失灵可以分为四类：第一，低成效的组织，即不能完成其使命的组织。第二，低效率的组织，即支出与收到的成效不成比例。第三，中饱私囊，即掌管组织的个人通过贪污、领取高薪等手段为自己牟取过多的利益。第四，责任机制的缺乏导致组织高风险运作。
综合上述学者的观点，本文认为非营利组织失灵的表现主要有以下四个方面：
（1）营利化倾向。非营利组织将愈来愈多的精力投放于销售、投资等营利性活动之中以扩充资金来源和赚取更多的利润。不断增加的收费性项目成为组织收入的主要来源，组织内部领薪职员的比例也逐渐扩张。以美国为例，1995年全美非营利组织服务收费达到3200亿美元，占到总收入的56.6%。大量营利性手段的运用使得非营利组织的性质发生了潜移默化的改变，公益目标面临被遗忘的危险。
（2）官僚化倾向。这主要指的是政府力量对非营利组织独立性的侵蚀。一方面，政府通过资金和人事的控制影响非营利组织的决策和活动，使其成为自己履行职能的工具；另一方面，长期依赖政府资源使得非营利组织产生惰性，作风越来越官僚化。在发达国家，20世纪末的民营化浪潮并没有阻挡国家对非营利部门的侵蚀。以英国为例，从1990年开始，政府资助在英国非营利组织收入中的比重逐年上升，到1995年时首次成为第三部门最重要的收入来源（包括来自拨款、合约和服务协议的直接款项，不包括通过税收优惠给予的间接支持）； 而在市民社会发展程度较低的国家，非营利组织则往往被强制纳入政府机构体系。
（3）内部人控制问题。“内部人控制”这个概念原意是指独立于所有者（外部人）的经营者事实上或法律上掌握着企业的实际控制权，在公司经营种充分体现自身利益，甚至与职工合谋谋取各自的利益，从而架空所有者的控制与监督的情形。非营利组织的内部人控制，指的是非营利组织内部人员，特别是管理者为追求个人利益最大化，其行为偏离组织宗旨目标以及因监督这种偏离行为而产生的代理成本。内部人控制的具体行为多种多样，最主要的表现是组织的领导人或实际运营者对内形成权力垄断，在重大决策上独断专行，对外逃避捐赠者及社会公众的监督。此外，这还表现为高工资、在职消费甚至侵占组织财产等等。
（4）效率低下。这主要表现为非营利组织自身的运作成本不断加大，以至于投入与产出不成比例，甚至出现用于公共服务的支出小于在募捐和管理上的花费的状况。
