县医院跟县卫生局级别一样，同属正科级。但是县医院行政上面隶属县卫生局，受卫生局领导。人事权同样受卫生局管辖。县卫生局副局长一般都是副科级，级别不如县医院院长。
副科局级，因为县级人民医院要受到县卫生局领导，县卫生局是正科局级。人民医院院长一般由县卫生局副局长或者副局级卫生局党组成员兼任。
卫生局是地方各级医院的主管部门。下设办公室、医政科、健教所、爱卫会等职能部门，分管食品卫生，执业医师法的实施，医疗事故的处理等等工作。
贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合本市实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订本市卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。