樱桃的根系因种类、繁殖方式、土壤类型的不同而有差异。
中国樱桃的根系一般集中分布在5～35厘米土层内，以20～35厘米土层最多。分株繁殖的酸樱桃根系一般在20～50厘米 土层内。
中国樱桃的实生苗，在种子萌发后有明显的主根，但当幼苗长到5～10枚真叶时，主根发育减弱，由2～3条发育较粗的 侧根代替。因此，中国樱桃实生苗无明显主根，须根发达，水平伸展范围广。欧洲酸樱桃和库页岛山樱桃实生苗根系比较 发达，可发育3～5条粗壮的侧根。扦插、分株和压条三种无性繁殖苗木的根系由茎上产生的不定根发育而成，没有主根， 都是侧生根。其根量比实生苗大，分布范围广，且有两层以上根系，这与其他果树不同。
甜樱桃嫁接苗的根系因砧木种类和繁殖方式而不同。以山樱桃为砧木时，根系发达，固地性强，较抗风害。以中国樱 桃为砧木时，须根发达，但根系分布浅，固地性差，不抗风，易倒伏。无性繁殖的砧木水平根发达，且有两层以上根系， 分布深，固地性强，较抗风，生产上宜采用无性繁殖的砧木。
土壤条件和栽培管理对根系的生长和结构也有较大影响。据调查，以中国樱桃为砧木，20年生的大紫品种，在良好的 土壤和管理条件下，其根系主要分布在30～60厘米的土层内，与土壤和管理条件较差的同龄树相比，根系数量几乎增加1 倍。
甜樱桃的根系分为主根、侧根和须根三部分，主根不发达，侧根和须根较多。根系因砧木种类、繁殖方式、土壤类型的不同而有差异。
目前生产上常用的甜樱桃砧木主要有中国樱桃、酸樱桃、考特、马扎德、马哈利、吉塞拉等种类。中国樱桃为砧木时，须根发达，但根系分布浅，固地性差，不抗风，易倒伏。相比而言，马哈利砧木的根系较发达，主根长达4～5米，其根系主要分布在20～80厘米深的土层里；酸樱桃的主根长达2～3米，侧根长达4～5米，主要分布在5～30厘米深的土层里。以山樱桃为砧木时，根系发达，固地性强，较抗风害，欧洲酸樱桃和山樱桃实生苗根系比较发达，可发育3～5条粗壮的侧根。
砧木的不同繁殖方法，造成根系生长发育的差异很大。一般来说，实生砧木形成的骨干根、垂直根较发达，根系分布层较深，固定性较好，但个体间往往差异较大，易造成树体大小不一，中国樱桃的实生苗，在种子萌发后有明显的主根，但当幼苗长到5～10枚真叶时，主根发育减弱，由2～3条发育较粗的侧根代替，因此，中国樱桃实生苗无明显主根，须根发达，水平伸展范围广，根系一般集中分布在5～35厘米土层内，以20～35厘米土层最多；扦插、分株和压条三种无性繁殖苗木的根系由茎上产生的不定根发育而成，垂直根不发达，根系在土壤中的分布层较浅，固定性较差；水平根发育强健，须根量较大，其根量比实生苗大，分布范围广，且有两层以上根系，分株繁殖的酸樱桃根系一般在20～50厘米土层内。
土壤类型和管理水平对根系的生长也有明显的影响，砂壤土透气性好，土层深厚，管理水平高时，樱桃根量大，分布广；而土壤黏重，透气性差，土壤瘠薄，管理水平差，则根系不发达，进而影响地上部分的生长与结果。据调查，以中国樱桃为砧木，20年生的大紫品种，在良好的土壤和管理条件下，其根系主要分布在30～60厘米的土层内，与土壤和管理条件较差的同龄树相比，根系数量几乎增加1倍。
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