青协组织部协调会长工作，同时监督协会各组织运行情况，并协调各部间的活动。受会长委托，可行使部分会长职权，是促进协会整体工作顺利运转的中枢。
组织部作为青协的职能部门，工作贯穿的始终。组织部主要负责协会活动的策划、组织工作，确保协会活动高质、高效的开展。在协会组织中处于承上启下的枢纽地位。充分发挥协调与沟通功能，促进各项工作圆满完成， 具体职责包括：
1.密切注意会员动向，及时反映广大会员的思想动态，收集各方面意见和建议，为青协发展提供相关资料；
2. 依照制定的活动计划依时开展活动；
3. 负责处理协调活动开展过程中出现的问题；
4.负责协助青年志愿者协会策划、组织各项大型活动，全权负责本青协各项活动的策划、组织，动员志愿者积极参与各项公益活动；
5.对各学期青协的组织生活内容和全校性的主题教育活动，提出设想和决定；
6.负责所有成员青协的选拔、培养、考核、资格认定的管理；
7.管理所有青协活动组织的认识情况，统计并核实各项资料；
8.制定并完善各项工作细则和其他相关制度，负责组织负责人员开展自愿服务的学习；
9.负责对所有青协成员进行考核、奖励、处分等工作的评定；
10.熟悉掌握全院青协成员活动组织的基本情况，了解组织的活动；
11.负责负责人培训班内部联谊等的组织工作；
12.协助其他副会长会长完成其它交办的任务；
13.组织一些有意义的活动。如交流会、竞赛类、讲座等。
青协组织部是协助会长与副会长加强全院青协成员思想建设、组织建设及主要干部培养和管理的重要组织。