综合来讲研究中主要存在如下一些问题：
1.钻孔之间的地层连接问题
对于建立了区域内标准地层，并且钻孔分层严格按照地层顺序划分的区域地层建模可实现自动连接；但对于钻孔分层相对于标准地层层序存在倒转、互层的情况无法实现自动连接，但手工链接又过于复杂，在钻孔密度较大、地层较复杂的情况下甚至根本无法实现。这一问题可以说是制约基于钻孔的三维地质建模中的一个关键问题。
2.特殊地质现象建模依然困难
实际建模过程中由于控制数据太少，对于古河道、透镜体、尖灭等特殊地质现象建模依然困难；由于地质多解性，自动构建的模型准确性、合理性无法保证，而手动构建又太繁琐，甚至不可行。
3.包含断层、褶皱等复杂地质体建模问题
包含断层、褶皱等复杂地质现象的地质体建模依然是三维地质建模中的难点，一是控制数据少无法有效描述这些复杂地质体的空间形态，二是不同地质面、体之间存在交切等复杂关系自动处理根本无法实现，而手动调整又太繁琐。
4.模型精度问题
在控制数据已经固定的情况下如何有效提高模型精度。改进插值算法，引入人工交互，添加更多的约束数据（如虚拟钻孔等）看来是可尝试的方法。
5.多种建模方法的融合问题
如何将基于钻孔的三维地层建模与断层线框架建模及地质剖面建模法很好地进行结合。
6.大数据量模型的数据调度与三维显示问题
整个城市范围内具备相当精细程度的模型数据量庞大，传统技术难以进行流畅显示，需要研究并引入分块、分实体调度算法及基于不规则三角网的LOD技术。
7.三维模型拓扑关系处理
生成复杂地质体之间较完善的拓扑关系；利用拓扑关系进行不同模型交、并、差运算。