沃森、克里克提出了dna双螺旋结构模型的惊世发现，揭开了分子生物学的新篇章。如果说十九世纪达尔文进化论在揭示生物进化发展规律、推动生物学发展方面，具有里程碑意义的话，那么，dna双螺旋结构模型的提出，则是开启生命科学新阶段的又一座里程碑。由此，人类开始进入改造、设计生命的征程。
20世纪40年代末和50年代初，在dna被确认为遗传物质之后，生物学家们不得不面临着一个难题：dna应该有什么样的结构，才能担当遗传的重任？它必须能够携带遗传信息，能够自我复制传递遗传信息，能够让遗传信息得到表达以控制细胞活动，并且能够突变并保留突变。这4点，缺一不可，如何建构一个dna分子模型解释这一切？
当时主要有三个实验室几乎同时在研究dna分子模型。第一个实验室是伦敦国王学院的威尔金斯、弗兰克林实验室，他们用x射线衍射法研究dna的晶体结构。当x射线照射到生物大分子的晶体时，晶格中的原子或分子会使射线发生偏转，根据得到的衍射图像，可以推测分子大致的结构和形状。第二个实验室是加州理工学院的大化学家莱纳斯·鲍林(linus pauling)实验室。在此之前，鲍林已发现了蛋白质的a螺旋结构。第三个则是个非正式的研究小组，事实上他们可说是不务正业。23岁的年轻的遗传学家沃森于1951年从美国到剑桥大学做博士后时，虽然其真实意图是要研究dna分子结构，挂着的课题项目却是研究烟草花叶病毒。比他年长12岁的克里克当时正在做博士论文，论文题目是“多肽和蛋白质：x射线研究”。沃森说服与他分享同一个办公室的克里克一起研究dna分子模型，他需要克里克在x射线晶体衍射学方面的知识。他们从1951年10月开始拼凑模型，几经尝试，终于在1953年3月获得了正确的模型。关于这三个实验室如何明争暗斗，互相竞争，由于沃森一本风靡全球的自传《双螺旋》而广为人知。值得探讨的一个问题是：为什么沃森和克里克既不像威尔金斯和弗兰克林那样拥有第一手的实验资料，又不像鲍林那样有建构分子模型的丰富经验(他们两个人都是第一次建构分子模型)，却能在这场竞赛中获胜？
这些人中，除了沃森，都不是遗传学家，而是物理学家或化学家。威尔金斯虽然在1950年最早研究dna的晶体结构，当时却对dna究竟在细胞中干什么一无所知，在1951年才觉得dna可能参与了核蛋白所控制的遗传。弗兰克林也不了解dna在生物细胞中的重要性。鲍林研究dna分子，则纯属偶然。他在1951年11月的《美国化学学会杂志》上看到一篇核酸结构的论文，觉得荒唐可笑，为了反驳这篇论文，才着手建立dna分子模型。他是把dna分子当作化合物，而不是遗传物质来研究的。这两个研究小组完全根据晶体衍射图建构模型，鲍林甚至根据的是30年代拍摄的模糊不清的衍射照片。不理解dna的生物学功能，单纯根据晶体衍射图，有太多的可能性供选择，是很难得出正确的模型的。
沃森在1951年到剑桥之前，曾经做过用同位素标记追踪噬菌体dna的实验，坚信dna就是遗传物质。据他的回忆，他到剑桥后发现克里克也是“知道dna比蛋白质更为重要的人”。但是按克里克本人的说法，他当时对dna所知不多，并未觉得它在遗传上比蛋白质更重要，只是认为dna作为与核蛋白结合的物质，值得研究。对一名研究生来说，确定一种未知分子的结构，就是一个值得一试的课题。在确信了dna是遗传物质之后，还必须理解遗传物质需要什么样的性质才能发挥基因的功能。像克里克和威尔金斯，沃森后来也强调薛定谔的《生命是什么？》一书对他的重要影响，他甚至说他在芝加哥大学时读了这本书之后，就立志要破解基因的奥秘。如果这是真的，我们就很难明白，为什么沃森向印第安那大学申请研究生时，申请的是鸟类学。由于印第安那大学动物系没有鸟类学专业，在系主任的建议下，沃森才转而从事遗传学研究。当时大遗传学家赫尔曼·缪勒(hermann muller)恰好正在印第安那大学任教授，沃森不仅上过缪勒关于“突变和基因”的课(分数得a)，而且考虑过要当他的研究生。但觉得缪勒研究的果蝇在遗传学上已过了辉煌时期，才改拜研究噬菌体遗传的萨尔瓦多·卢里亚(salvador luria)为师。但是，缪勒关于遗传物质必须具有自催化、异催化和突变三重性的观念，想必对沃森有深刻的影响。正是因为沃森和克里克坚信dna是遗传物质，并且理解遗传物质应该有什么样的特性，才能根据如此少的数据，做出如此重大的发现。
他们根据的数据仅有三条：第一条是当时已广为人知的，即dna由6种小分子组成：脱氧核糖，磷酸和4种碱基(a、g、t、c)，由这些小分子组成了4种核苷酸，这4种核苷酸组成了dna。第二条证据是最新的，弗兰克林得到的衍射照片表明，dna是由两条长链组成的双螺旋，宽度为20埃。第三条证据是最为关键的。美国生物化学家埃尔文·查戈夫(erwin chargaff)测定dna的分子组成，发现dna中的4种碱基的含量并不是传统认为的等量的，虽然在不同物种中4种碱基的含量不同，但是a和t的含量总是相等，g和c的含量也相等。
查加夫早在1950年就已发布了这个重要结果，但奇怪的是，研究dna分子结构的这三个实验室都将它忽略了。甚至在查加夫1951年春天亲访剑桥，与沃森和克里克见面后，沃森和克里克对他的结果也不加重视。在沃森和克里克终于意识到查加夫比值的重要性，并请剑桥的青年数学家约翰·格里菲斯(john griffith)计算出a吸引t，g吸引c，a＋t的宽度与g＋c的宽度相等之后，很快就拼凑出了dna分子的正确模型。
沃森和克里克在1953年4月25日的《自然》杂志上以1000多字和一幅插图的短文公布了他们的发现。在论文中，沃森和克里克以谦逊的笔调，暗示了这个结构模型在遗传上的重要性：“我们并非没有注意到，我们所推测的特殊配对立即暗示了遗传物质的复制机理。”在随后发表的论文中，沃森和克里克详细地说明了dna双螺旋模型对遗传学研究的重大意义：一、它能够说明遗传物质的自我复制。这个“半保留复制”的设想后来被马修·麦赛尔逊(matthew meselson)和富兰克林·斯塔勒(franklin w.stahl)用同位素追踪实验证实。二、它能够说明遗传物质是如何携带遗传信息的。三、它能够说明基因是如何突变的。基因突变是由于碱基序列发生了变化，这样的变化可以通过复制而得到保留。
但是遗传物质的第四个特征，即遗传信息怎样得到表达以控制细胞活动呢？这个模型无法解释，沃森和克里克当时也公开承认他们不知道dna如何能“对细胞有高度特殊的作用”。不过，这时，基因的主要功能是控制蛋白质的合成，这种观点已成为一个共识。那么基因又是如何控制蛋白质的合成呢？有没有可能以dna为模板，直接在dna上面将氨基酸连接成蛋白质？在沃森和克里克提出dna双螺旋模型后的一段时间内，即有人如此假设，认为dna结构中，在不同的碱基对之间形成形状不同的“窟窿”，不同的氨基酸插在这些窟窿中，就能连成特定序列的蛋白质。但是这个假说，面临着一大难题：染色体dna存在于细胞核中，而绝大多数蛋白质都在细胞质中，细胞核和细胞质由大分子无法通过的核膜隔离开，如果由dna直接合成蛋白质，蛋白质无法跑到细胞质。另一类核酸rna倒是主要存在于细胞质中。rna和dna的成分很相似，只有两点不同，它有核糖而没有脱氧核糖，有尿嘧啶(u)而没有胸腺嘧啶(t)。早在1952年，在提出dna双螺旋模型之前，沃森就已设想遗传信息的传递途径是由dna传到rna，再由rna传到蛋白质。在1953～1954年间，沃森进一步思考了这个问题。他认为在基因表达时，dna从细胞核转移到了细胞质，其脱氧核糖转变成核糖，变成了双链rna，然后再以碱基对之间的窟窿为模板合成蛋白质。这个过于离奇的设想在提交发表之前被克里克否决了。克里克指出，dna和rna本身都不可能直接充当连接氨基酸的模板。遗传信息仅仅体现在dna的碱基序列上，还需要一种连接物将碱基序列和氨基酸连接起来。这个“连接物假说”，很快就被实验证实了。
1958年，克里克提出了两个学说，奠定了分子遗传学的理论基础。第一个学说是“序列假说”，它认为一段核酸的特殊性完全由它的碱基序列所决定，碱基序列编码一个特定蛋白质的氨基酸序列，蛋白质的氨基酸序列决定了蛋白质的三维结构。第二个学说是“中心法则”，遗传信息只能从核酸传递给核酸，或核酸传递给蛋白质，而不能从蛋白质传递给蛋白质，或从蛋白质传回核酸。沃森后来把中心法则更明确地表示为遗传信息只能从dna传到rna，再由rna传到蛋白质，以致在1970年发现了病毒中存在由rna合成dna的反转录现象后，人们都说中心法则需要修正，要加一条遗传信息也能从rna传到dna。事实上，根据克里克原来的说法，中心法则并无修正的必要。
碱基序列是如何编码氨基酸的呢？克里克在这个破译这个遗传密码的问题上也做出了重大的贡献。组成蛋白质的氨基酸有20种，而碱基只有4种，显然，不可能由1个碱基编码1个氨基酸。如果由2个碱基编码1个氨基酸，只有16种(4的2次方)组合，也还不够。因此，至少由3个碱基编码1个氨基酸，共有64种组合，才能满足需要。
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