一、组成部门不同
1、卫生厅是根据中共中央、国务院批准设置的，是省人民政府主管全省卫生工作的组成部门。
2、国家卫生健康委员会是国务院组成部门，为正部级。
二、主要职责不同
1、卫生厅
（一）推进医药卫生体制改革。贯彻党和国家关于卫生工作的法律、法规和方针、政策，组织实施国家卫生标准和技术规范，拟订有关地方性卫生法规和省政府规章草案，卫生标准和技术规范；制定全省卫生事业发展规划和战略目标并组织实施。
（二）贯彻执行国家基本药物制度，制定全省基本药物的采购、配送、使用的政策措施，会同有关方面制定全省基本药物目录内药品生产的政策措施，提出全省基本药物价格政策的建议。
（三）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，组织制定地方性食品安全标准，负责食品及相关产品的安全风险评估、预警工作，统一发布全省重大食品安全信息。牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监督。
（四）拟订全省区域卫生规划，统筹规划协调全省卫生资源配置。
（五）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制定全省疾病防治规划和措施，并组织实施；负责传染病、地方病和其他常见病、多发病的防治工作。
（六）负责卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
2、卫健委
（一）组织拟订国民健康政策，拟订卫生健康事业发展法律法规草案、政策、规划，制定部门规章和标准并组织实施。统筹规划卫生健康资源配置，指导区域卫生健康规划的编制和实施。制定并组织实施推进卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化和公共资源向基层延伸等政策措施。
（二）协调推进深化医药卫生体制改革，研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议。组织深化公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度，制定并组织实施推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，提出医疗服务和药品价格政策的建议。
（三）制定并组织落实疾病预防控制规划、国家免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施，制定检疫传染病和监测传染病目录。负责卫生应急工作，组织指导突发公共卫生事件的预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援。
（四）组织拟订并协调落实应对人口老龄化政策措施，负责推进老年健康服务体系建设和医养结合工作。
（五）组织制定国家药物政策和国家基本药物制度，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警，提出国家基本药物价格政策的建议，参与制定国家药典。组织开展食品安全风险监测评估，依法制定并公布食品安全标准。
（六）负责职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生等公共卫生的监督管理，负责传染病防治监督，健全卫生健康综合监督体系。牵头《烟草控制框架公约》履约工作。
国家卫生健康委员会设下列内设机构：
（一）办公厅。负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开等工作。
（二）人事司。拟订卫生健康人才发展政策，承担机关和直属单位的人事管理、机构编制和队伍建设等工作，负责卫生健康专业技术人员资格管理。
（三）规划发展与信息化司。承担健康中国战略协调推进工作，组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，指导卫生健康服务体系及信息化建设，组织开展爱国卫生运动和卫生健康统计工作。承担《烟草控制框架公约》牵头履约工作。
（四）财务司。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作。
（五）法规司。组织起草法律法规草案、规章和标准，承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作。
（六）体制改革司。承担深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。