治疗作用是在病原物侵入以后至寄主植物发病之前使用杀菌剂，抑制或杀死植物体内外的病原物，或诱导寄主产生抗病性，终止或解除病原物与寄主的寄生关系，阻止发病。具有内吸治疗作用的杀菌剂也称为治疗剂。用于治疗的杀菌剂必须具备两种重要的生物学特性。一是必须具备能够被植物吸收和输导的内吸性。杀菌剂的内吸性是指药剂能够被植物的根、叶、嫩茎及其他组织器官吸收，并通过质外体或共质体输导，在植物体内再分配的性质。这种内吸性杀菌剂不仅能够治疗已经被病菌侵染的组织，还能保护植物新生组织免遭病菌侵害。二是必须具备高度的选择性，以免对植物产生药害。利用杀菌剂的内吸性，使用萎锈灵和唑类杀菌剂处理种子，防治散黑穗病，使用苯并咪唑类、苯酰胺类杀菌剂，分别防治已经侵染的多种真菌性叶斑病和卵菌病害等。