2005年8月3日，中国民用航空总局批复云南祥鹏航空有限责任公司筹建许可，批准其作为公共航空运输企业成立。同年2月，祥鹏航空获得运营许可证和运行合格证，2月26日，首架飞机顺利起航，标志着公司的正式运营起步。
5月8日，昆明营业部正式对外营业，为旅客提供了便捷的出行服务。6月22日，机场柜台开业，提升了旅客办理业务和处理应急问题的效率。7月6日，"祥鹏家园"上线，构建了公司与旅客、旅客与旅客以及员工间的交流平台，提升了品牌形象。
同年7月19日，昆明至太原直飞航线成为首条跨区航线。11月24日，国际航空运输协会授予"简化商务－非凡进取奖"，以肯定公司在电子商务领域的突出贡献。12月20日，电子客票上线，进一步便利了购票流程。2007年6月1日，"1929"产品推出，提供更灵活的服务。
2007年9月25日，祥鹏航空网站上线，开创了积分奖励和在线沟通平台的先河。2008年3月，公司荣获"旅客话民航"年度用户满意奖。2010年1月，祥鹏航空主运营基地由大理迁至昆明，并陆续开通多条新航线。
2010年2月，祥鹏航空航班正常率位居行业前列，公司被评为优秀纳税企业和经济发展先进企业。3月，易生祥鹏卡媒体推介会顺利召开，易生祥鹏卡正式推出，主运行基地换证仪式也在同月举行。接下来的几个月，公司不断扩展航线网络，完善服务设施。
2010年底，新行政楼启用，服务质量进一步提升。2011年，公司引进更多波音737-700型客机，并成功首航"大理号"彩喷飞机。这一年，祥鹏航空在航班换季时开通了多条新航线，巩固了其在行业中的地位。
云南祥鹏航空有限责任公司成立于2004年6月，是经中国民用航空总局批准成立，经营云南省内航空客货运输业务及其它国内航空运输业务的公共航空运输企业。系海南航空集团旗下的控股公司，由海南航空集团有限公司（67.95%）、山西航空公司（31.38%）、云南石林航空旅游公司（0.67%）等三家共同投资组建。2006年2月26日，祥鹏航空开航运营。