植物组织培养的分类依据外植体的不同，主要分为以下几类：
首先，胚胎培养涵盖了植物胚胎的各个方面，如胚培养、胚乳培养、单独的胚珠和子房培养，以及通过离体受精技术实现的胚胎培养。这种技术着重于早期发育阶段的培养。
其次，器官和组织培养更为广泛，包括植物的单一器官或其部分，如茎段、茎尖、块茎、球茎、叶片、花序、花瓣、子房、花药、花托、果实和种子等。组织培养又有广义和狭义之分，广义上涵盖所有类型的外植体，狭义上则专指形成层组织、分生组织、表皮组织、薄壁组织和各种器官组织，以及由这些组织产生的愈伤组织。
再者，细胞培养主要通过生物反应器进行，目的是促进细胞的生长和生物合成，可以是大规模的细胞群培养，也可以是利用单细胞克隆技术，通过细胞的生长和分化，最终形成完整的植株。
最后，原生质体培养涉及去除细胞壁的植物细胞，这些细胞由质膜包裹，保持活性。这种技术在植物遗传工程和细胞融合等方面有重要应用。
植物组织培养概念（广义）又叫离体培养，指从植物体分离出符合需要的组织。器官或细胞，原生质体等，通过无菌操作，在人工控制条件下进行培养以获得再生的完整植株或生产具有经济价值的其他产品的技术。 植物组织培养概念（狭义）指用植物各部分组织，如形成层。薄壁组织。叶肉组织。胚乳等进行培养获得再生植株，也指在培养过程中从各器官上产生愈伤组织的培养，愈伤组织再经过再分化形成再生植物。