便利店办了营业执照但没办食品流通许可证会被罚款，罚款金额在，一万元以下罚款，情节严重的，处以一万元以上三万元以下罚款。
依据法条：
《食品流通许可证管理办法》：
第六条
食品经营者应当在依法取得《食品流通许可证》后，向有登记管辖权的工商行政管理机关申请办理工商登记。未取得《食品流通许可证》和营业执照，不得从事食品经营。
法律、法规对食品摊贩另有规定的，依照其规定。
第三十四条 有下列情形之一的，依照法律、法规的规定予以处罚。法律、法规没有规定的，责令改正，给予警告，并处以一万元以下罚款；情节严重的，处以一万元以上三万元以下罚款：
（一）未经许可，擅自改变许可事项的；
（二）伪造、涂改、倒卖、出租、出借《食品流通许可证》，或者以其他形式非法转让《食品流通许可证》的；
（三）隐瞒真实情况或者提交虚假材料申请或者取得食品流通许可的；
（四）以欺骗、贿赂等不正当手段取得食品流通许可的。
扩展资料：
一、办理食品流通许可证要求：
（一）申请人应当在申请书上签字盖章。新设食品流通经营企业申请许可，该企业的投资人为许可的申请人；已经具有主体资格的企业申请食品经营许可，该企业为申请人；个体工商户申请食品流通许可，本人为许可的申请人。
（二）申请食品流通许可证所提交的材料，应当真实、有效、符合法定形式。申请人应当对其提交材料的真实性负责。
（三）对于食品流通经营者在2009年6月1日前已经取得《食品卫生许可证》的，原许可证在有效期内继续有效，自愿申请换证、原许可证载明事项发生变化或者有效期届满，食品经营者应当按照《食品流通许可证管理办法》的规定提出申请，经审核机关审核后，领取食品流通许可证。
二、申请领取食品流通许可证，应当提交下列材料：
（一）《食品流通许可申请书》；
（二）《名称预先核准通知书》复印件；
（三）与食品经营相适应的经营场所的使用证明；
（四）负责人及食品安全管理人员的身份证明；
（五）与食品经营相适应的经营设备、工具清单；
（六）与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件；
（七）食品安全管理制度文本；
（八）省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。
申请人委托他人提出许可申请的，委托代理人应当提交委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明。
已经具有合法主体资格的经营者在经营范围中申请增加食品经营项目的，还需提交营业执照等主体资格证明材料，不需提交《名称预先核准通知书》复印件。
新设食品经营企业申请食品流通许可，该企业的投资人为许可申请人；已经具有主体资格的企业申请食品流通许可，该企业为许可申请人；企业分支机构申请食品流通许可，设立该分支机构的企业为许可申请人；个人新设申请或者个体工商户申请食品流通许可，业主为许可申请人。申请人应当在申请书等材料上签字盖章。
参考资料来源：百度百科——《食品流通许可证》