通常认为，刘秀昆阳一战横扫王莽四十万大军，刚刚三十岁而成就帝王大业，登基后不杀功臣，和皇后阴丽华相濡以沫、不离不弃，而且刘秀爱读书、勤耕作，没有任何恶习，因此是完美的皇帝。然而，世界不可能有完美的人，只有我们想象中的完美。
一、刘秀在昆阳大战的确创造了战争的奇迹，但做为作战主力的绿林军反倒被弱化
倘若后汉书的记载关于昆阳大战的记录全部是真的，那刘秀的确是在面对大敌时唯一清醒和勇敢的人。然而，这场战争不可能是他一个人打的，他也不是胜利方唯一的指挥者，甚至不是最高指挥者，但后汉书的记载，似乎都将这场胜利记在了刘秀头上。参与战争的主力，其实是被刘秀称帝后所贬低的绿林军诸将，然而大家似乎把绿林军和刘秀手下的嫡系汉军弄混了，因为绿林军和舂陵侯家族（刘秀属于这一大家族，更始帝刘玄也是）的汉军联合，因此被笼统的共称为汉军。刘秀夺得天下后，这个事实似乎被刻意模糊化处理，仿佛昆阳就是刘秀一个人打赢的。事实上，刘秀后来的开国大功臣云台二十八将里，除了后来从绿林军中投降过来的马武等极少数人，绝大多数都没有参加过昆阳大战。
二、刘秀登基后不滥杀功臣，但也不重用有能力有抱负的人，为了让功臣们安心，更是放纵功臣兼并土地，成为了各地的大豪强
刘秀对功臣的册封，动不动几个县，多的达到六个县，远比西汉开国的封侯待遇丰厚。但是刘秀内心是对功臣很忌惮的，除了极少数功臣，大部分功臣都被勒令回到封地，不得参与政务。为了平衡功臣的心理，刘秀默许了这些人鱼肉乡里，大占大富，这让西汉末年本就十分严重土地兼并更加严重，小民失去了赖以为生的土地，因此东汉一朝农民起义不断，随时随地都有造反。刘秀不用功臣，只是重用儒生帮他治国，造成东汉一朝大多数时间都缺乏进取精神，守旧无聊，除了东汉初年的开国故事和东汉末年的三国故事，这个朝代几乎成为被人遗忘的时期。无论是通西域，还是击匈奴，刘秀都不积极，只是为了维护皇家统治而大肆削弱地方兵权，从而为东汉中后期长达上百年的羌乱埋下祸根。其实这种矛盾一直积累下去，直到西晋末年爆发了严重的五胡之乱。
三、刘秀和阴丽华被人称道的传奇爱情，其实也是颇多内情
为了开创自己的事业，刘秀不得不先抛弃了与阴丽华的誓言，迎娶了河北强宗大族的郭氏为正妻（和真定王家族关系很深）。后来，刘秀地位稳固了，已经当了皇帝了，又让人通过不光明的手段杀掉曾对他全力支持的真定王一家，理由是真定王谋反。刘秀废郭皇后及其子，而立阴丽华及其子刘庄，很难说没有始乱终弃之嫌，其中的政治因素更是耐人玩味。
完美皇帝，就如同完美的人一样，几乎是不可能有的，当然，刘秀能做到这样，已经算很不容易了。