车辆登记证书丢了，主要有如下危害：
1、影响年审。年检要求提交车辆登记证书，如果没有车辆登记证书将无法办理年检，需补办车辆登记证书后才能年审。
2、影响转让过户。机动车登记证是用来证明机动车所有权和记录其他状况的重要凭证，上面详细记载了机动车所有权人的相关信息和机动车技术参数，相当于我们购买商品房时所获得的房产证，一旦丢失车辆登记证书，车辆再转卖时，就需要提交车辆登记证书办理过户登记，没有车辆登记证书的，将无法办理过户提档。
3、无法注销报废车辆。已达到国家强制报废标准的机动车，机动车所有人向机动车回收企业交售机动车时，应当提交机动车登记证书、号牌和行驶证。所以，没有车辆登记证书，将无法办理报废车辆的注销手续。
《机动车登记规定》
第四十三条
机动车登记证书灭失、丢失或者损毁的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请补领、换领。申请时，机动车所有人应当填写申请表并提交身份证明，属于补领机动车登记证书的，还应当交验机动车。车辆管理所应当自受理之日起一日内，确认机动车，审查提交的证明、凭证，补发、换发机动车登记证书。
启用机动车登记证书前已注册登记的机动车未申领机动车登记证书的，机动车所有人可以向登记地车辆管理所申领机动车登记证书。但属于机动车所有人申请变更、转移或者抵押登记的，应当在申请前向车辆管理所申领机动车登记证书。申请时，机动车所有人应当填写申请表，交验机动车并提交身份证明。车辆管理所应当自受理之日起五日内，确认机动车，核对车辆识别代号拓印膜，审查提交的证明、凭证，核发机动车登记证书。