根据国家税务总局的规定，企业支付年终奖金时应当进行个人所得税的汇算清缴。年终奖应单独计税，在年度综合所得中不纳入汇算清缴。
根据《个人所得税法》和《个人所得税法实施条例》，企业在向员工支付年终奖金时，应该在发放时就按照适用税率代扣代缴个人所得税。但是，由于年终奖金多数情况下都是累计所得中的重要组成部分，如果按照每个月所得来计算，那么就会出现税负过高而导致退税或补缴税款的情况。所以，为了避免税负过高，国家税务总局规定企业按照年终奖单独计算个人所得税。另外，年终奖的计税方式也是有关法律法规的规定的。根据《国务院办公厅关于企业发放年终奖金有关问题的通知》，“年终奖应从工资、薪金所得中分离计算，并单独汇算个人所得税，不得纳入当年度汇算清缴的综合所得中。”
年终奖的计税方式是否适用于所有员工？根据个人所得税法规定，计算个人所得税的应纳所得额应按照每个纳税期间的实际情况分别计算。因此，根据具体的收入情况和所得年度，年终奖的计税方式也会略有不同。
在发放年终奖时，企业应当明确年终奖的计税方式，并按照国家税务总局的规定进行汇算清缴个人所得税。同时，员工也可以根据自身情况对年终奖的计税方式进行申报调整。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；（三）稿酬所得；（四）特许权使用费所得；（五）经营所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；
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