乡镇卫生院归县政府和县卫生部门管理。
按照国家管理体制，镇卫生院接受镇政府、县（市）卫生局双重管理。卫生系统，首先是垂直管理体系接受上级医疗机构的业务管理，其次就是横向接受本级政府机构的行政管理，这种管理体系延续了很多年，随着国家治理体系和治理能力改革的不断深入，正在朝着更加科学、更有效率的方向发展。
乡镇卫生院是县或乡设立的一种卫生行政兼医疗预防工作的综合性机构。其主要职能是：
1、乡镇卫生院以公共卫生服务为主，综合提供预防、保健和基本医疗等服务。
2、加强农村疾病预防控制，做好传染病、地方病防治和疫情等农村突发性公共卫生事件报告工作，重点控制严重危害农民身体健康的传染病、地方病、职业病和寄生虫病等重大疾病。
3、认真执行儿童计划免疫。积极开展慢性非传染性疾病的防治工作。
4、做好农村孕产妇和儿童保健工作，提高住院分娩率，改善儿童营养状况。
5、积极做好新型农村合作医疗的服务、计划生育技术指导、康复等工作。
6、开展爱国卫生运动，普及疾病预防和卫生保健知识，指导群众改善居住、饮食、饮水和环境卫生条件，引导和帮助农民建立良好的卫生习惯。
卫生院上级部门是卫生厅。不同级别的医院，其上级主管部门不同，最基层的医院是乡镇卫生院，其上级主管部门是县卫生局，县人民医院，中医院，妇幼保健院县疾控中心虽与县卫生局同级别，但属其管理。其属市卫生局直接领导，是其上级。市级医院归市卫生局管辖，其上级是省卫生厅，省级医院是省直属医院。其上级是卫生部，还有中央直属医院。
法律依据
《医疗机构管理条例实施细则》
第三条 医疗机构的类别：
（一）综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医医院、专科医院、康复医院；
（二）妇幼保健院、妇幼保健计划生育服务中心；
（三）社区卫生服务中心、社区卫生服务站；
（四）中心卫生院、乡（镇）卫生院、街道卫生院；
（五）疗养院；
（六）综合门诊部、专科门诊部、中医门诊部、中西医结合门诊部、民族医门诊部；
（七）诊所、中医诊所、民族医诊所、卫生所、医务室、卫生保健所、卫生站；
（八）村卫生室（所）；
（九）急救中心、急救站；
（十）临床检验中心；
（十一）专科疾病防治院、专科疾病防治所、专科疾病防治站；
（十二）护理院、护理站；
（十三）医学检验实验室、病理诊断中心、医学影像诊断中心、血液透析中心、安宁疗护中心；
（十四）其他诊疗机构。
第七条 卫生计生行政部门依法独立行使监督管理职权，不受任何单位和个人干涉。
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