蛋白质饲料分为动物性蛋白质饲料和植物性蛋白质饲料，植物性蛋白质饲料又可分为豆类饲料和饼类饲料。不同种类饲料的加工方法不一样，现分别介绍如下：
（1）豆类蛋白质饲料的加工
豆类饲料含有一种叫做抗
胰蛋白酶的物质，这种物质在羊的消化道内与消化液中的胰蛋白酶作用，破坏了胰蛋白酶的分子结构，使酶失去生物活性，从而影响饲料中营养物质消化吸收，造成饲料蛋白质的浪费和羊的营养不足。这种抗胰蛋白酶在遇热时就变性而失去活性。因此在生产中常用蒸煮和焙炒的方法来破坏大豆中的抗胰蛋白酶，可提高了蛋白质的生物学价值。但有的资料表明，对于
反刍家畜，由于瘤胃微生物的作用，不用加热处理。
（2）豆饼饲料的加工
豆饼根据生产的工艺不同可分为熟豆饼和生豆饼，熟豆饼经粉碎后可按日粮的比例直接加入饲料中饲喂，不必进行其他处理，生豆饼由于含有抗胰蛋白酶，在粉碎后需经蒸煮或焙炒后饲喂。豆饼粉碎的细度应比玉米要细，便于配合饲料和防止羊的挑食。
（3）棉籽饼的加工
棉籽饼含有丰富的可消化粗蛋白质、
必需氨基酸，基本上和大豆粕的营养相当，还含有较多的可消化碳水化合物，是能量和蛋白质含量都较高的蛋白质饲料。但是棉籽饼中含有较多的
粗纤维，还有一定量的有毒物质，所以在饲喂猪、家禽等单胃动物时受到一定的限制，而主要作为羊、牛等反刍的蛋白质饲料。棉籽饼中的有毒物质是棉酚，这是一种复杂的多酚类的化合物，饲喂过量时容易引起中毒，所以在饲喂前一定要进行脱毒处理，常用的处理方法有水煮和
硫酸亚铁水溶液浸泡法。
水煮法：将粉碎的棉籽饼加适量的水煮沸，并不时搅动，煮沸半小时冷却后饲喂。水煮法的另一种办法是将棉籽饼放入水中煮沸，待水开后搅拌棉籽饼，然后封火过夜后捞出，打碎，拌入饲料或饲草中饲喂。煮棉籽饼的水也可以拌入饲料中饲喂。如果没有水煮的条件，可以先将棉籽饼打成碎片块用水浸泡24小时，然后将浸透的棉籽饼再打碎饲喂，将水倒掉。
硫酸亚铁水溶液浸泡法：其原理是游离棉酚与某些金属离子能融合成不被肠胃水化吸收的物质，丧失其毒性作用。作法是用1.25千克工业用硫酸亚铁，溶于125千克的水中配制成1%的硫酸亚铁溶液，浸泡50千克的棉籽饼，中间搅拌几次，经一昼夜浸泡后即可饲用。
（4）菜籽饼的加工
菜籽饼是油菜产区的
菜籽油的加工副产品，饲用受两个不利的因素影响，一是菜籽饼含有苦味，适口性较差；二是菜籽饼含有硫
葡萄糖甙，这种物质在酶的作用下，裂解生成多种有毒物质，饲喂和处理不当就会发生饲料中毒。这些有毒的物质是致
甲状腺肿大的噻唑烷硫酮（OET）、异硫氰酸酯（ITC）、芥籽甙等。因此对菜籽饼的脱毒处理显得十分重要，菜籽饼的脱毒处理常用的方法有两种。
土埋法：用土埋法可以基本上脱去菜籽饼的毒素。具体的做法是，挖一土坑（土的
含水量为8%左右），铺上草席，把粉碎成末的菜籽饼加水（饼水的比例为1∶1）浸泡后装入坑内，两个月后即可饲用。经土埋后的菜籽饼蛋白质的含量平均损失7.93%，异硫氰酸盐的含量由埋前的0.538%降到0.059%，脱毒率为89.35%（国家允许的残毒量的指标为0.05%）。
氨、碱处理法：氨处理法是用100份菜籽饼（含水6%～7%），加含7%氨的
氨水22份，均匀地喷洒在菜籽饼中，闷盖3～5小时，再放进蒸笼中蒸40～50分钟，再炒干或晒干。碱处理法是100份菜籽饼加入24份14.5%～15.5%的
纯碱溶液，其他的处理同上。
其他饼类饲料如胡麻饼、花生饼、葵花饼、芝麻饼等因不含什么有毒物质，只需无霉变，饲用即较为安全，在保存时应注意防潮。
（5）薯类及块根、块茎类饲料的加工利用
这类饲料的营养较为丰富，适口性也较好，是羊冬季不可多得的饲料之一。加工较为简单，应注意三个方面：一是霉烂的饲料不能饲喂；二是要将饲料上的泥土洗干净，用机械或手工的方法切成片状、丝状或小块状，块大时容易造成食道堵塞；三是不喂冰冻的饲料。饲喂时最好和其他饲料混合饲喂，并现切现喂。