《暗战危城》共40集，分集剧情介绍如下：
1、1-10集
上世纪三十年代，位于中国抗战大后方的西南地区、尚未被战火荼毒的桂林成为联系华南、华东乃至香港、海外的重要战略支点。戚本礼与上线李直会面。李直传达“漓江”的指示，即日起戚本礼成为与八办秘密联络的交通员。
戚本忠质问苏若水为何自作主张来戚家，苏若水解释说想给未来的公婆留个好印象，将来嫁进戚家，好好侍奉二老。诸葛先生找到苏若风，当面致谢的同时提出租住苏家的房子。得知三弟戚本礼也在追求苏若水，戚本忠强硬要求他就此罢手。
戚本忠施展手段，最终逼迫刘汉太承诺不再追究秦天夫的罪责。戚本孝与白松子熟络，在旁人看来他俩就像是在谈恋爱。参谋秦天夫带队前去抓捕，却晚到一步，白松子早已不见踪影。警察局长李佩玉窝藏白松子，以更有价值的情报要挟白松子以身相报，长期姘居。
在诸葛先生的鼓励下，苏若水全身心投入抗战新戏的排练，演出获得巨大成功。与此同时，苏若风与诸葛先生似有似无的爱情也在持续发酵。恰逢上级督察组莅临桂林，朱大伟以此为借口，接连几次敲诈戚正源。
戚正源苦不堪言，又担心朱大伟举报自己，杀心顿起。戚本孝到学校做抗战动员工作，学生们踊跃报名参加学生军。
2、11-20集
戚正源将戚本忠找回家，求他帮忙除掉朱大伟，否则朱大伟手里的材料递给上边来的巡查员，自己就真是死路一条了。戚本忠一案事关重大，国民政府军事委员会特派中将巡查员韦仁淞抵达桂林。刘汉太、李佩玉分别作了汇报。戚小玉找参谋秦天夫商量武力营救戚本忠。
泰汝芬埋怨刘汉太不识时务，所谓强龙不压地头蛇，为何紧盯着戚本忠不放。刘汉太心有不甘，秘密与戚本礼会面，指示他利用中共地下党的身份继续追查“漓江”，重点调查戚本忠。
桂林地下党组织了一批骨干力量，将奔赴皖南担任新四军的政工干部，为此请八办出面护送。戚本孝奉命护送这批干部，途中要穿越日军多道封锁线。
婚礼现场，戚小玉强作欢颜，戚本礼一肚子怨气。入洞房的前一刻，戚小玉再也控制不住自己的感情，当众向戚本忠表白，并把应该给新郎戚本礼的金钥匙塞到了戚本忠的手里。
惊闻老战友牺牲并下葬的消息，戚本忠、秦天夫等人上山祭奠。戚本忠走后，戚本礼上前查看，发现墓碑上刻着国军团长蓝建强的名字，而非李直。
李佩玉在某酒楼设宴请客，戚本忠如期而至。戚本忠取笑李佩玉养外室，含沙射影地提醒他小心惹祸上身。白松子偷偷潜入戚本忠的寓所，将剧毒药物放入他的酒壶。
戚本礼代表市府广播管理科邀请苏若水担任电台播音员。苏若水婉拒。戚本忠一方面顾及兄弟亲情，另一方面也觉得戚本礼说的有道理，最终同意让苏若水去当播音员。
苏若水出演改良桂剧《梁红玉》大获成功，戚本忠亲自到场祝贺。苏若水感动落泪，不顾一切地扑到戚本忠的怀中。看到这一幕，戚小玉伤心离去，借酒浇愁。
见妹妹苏若水闷闷不乐，苏若风问明原委，决定亲自去戚家提亲。戚家对妹妹的偏见彻底激怒了苏若风，她与张咏菊争吵起来。
3、21-30集
地下党突然通知戚本礼，说“漓江”要与他见面。戚本礼来到约定地点，只等“漓江”出现。与此同时，大批敌方人员在附近埋伏。戚本忠再次审讯白松子，利用她为自己的恋人大岛复仇的迫切心情，一举击溃她的心理防线。
此次行动失利，川崎显然低估了戚本忠的本事。痛定思痛，川崎重新制定刺杀戚本忠的秘密行动计划，这次他要亲自执行。戚本忠劝母亲张咏菊去苏家道歉。因怀疑自己已经暴露，戚本礼向泰汝芬申请公开军统身份，泰汝芬却坚持要他继续潜伏下去。
戚本忠得知戚小玉与戚本礼已经离婚，感慨万千，自责不已。他当即表态，作为大哥，他今后仍会照顾戚小玉和孩子。戚小玉感动不已。张咏菊来到苏家，向苏若风道歉的同时，希望苏若云能去看戚本孝最后一眼。苏家姐妹连门都不让她进，张咏菊只好失望而归。
戚家父母要给二儿子戚本孝办一场隆重的婚礼，戚本孝却坚持婚事从简，为此与家人发生激烈争执。戚本忠从戚本义手里购买大批药品。
戚本孝接到回延安的调令，就在这时，桂林地下党在“漓江”的指示下搞到一批紧缺的药品，请求八办出面护送。戚本孝主动请缨前去执行任务。
代号“蓑笠翁”的独立旅副营长鲍平安遭到敌方人员追杀，幸被“漓江”营救。“漓江”知道鲍平安身份已经暴露，建议他到乡下组建民团武装。
4、31-40集
苏若水入院，生命垂危。戚本忠大发雷霆，命谍报队全力侦破日本间谍的电台。白松子声称已经掌握了日谍川崎的活动范围。戚小玉依计行事，将戚本忠灌醉。苏若水趁机想让戚小玉与戚本忠同房，没想到戚本忠刚碰到戚小玉的手便知道她不是苏若水，一把将她推开。
关键时刻，戚本忠赶到，他动情地说，桂林的乡亲，我是桂林独立旅旅长的戚本忠。今天我在这里保证，只要戚本忠在桂林一天，每天都有一列火车停在这里，所有想离开的人都能离开。
戚本义被当众枪决，无辜成为政治斗争的牺牲品。戚本忠怒火难遏，拔枪对准韦仁淞，被众人拦下。毛巧儿自怨自艾，上吊自杀。
敢死队向日军据守的北门发起进攻，戚本礼壮烈牺牲。在国军其他部队和共产党工农武装的支持下，戚本忠亲率独立旅向日军发起反攻。
惨烈的战斗，天昏地暗，尸横遍野。从死人堆里爬出来的戚本忠看着重新夺回的桂林城眼睛湿润了，他恍惚看到，远远的，妻子苏若水正抱着孩子朝他走来。
电视剧简评：
本剧的男一男二分别由两位演艺界“一哥”担纲。一位是“抗战剧一哥”于震，饰演戚家长子戚本忠；另一位则是新加坡演艺界“一哥”戚玉武，饰演戚家三弟戚本礼。
这两位“一哥”在《暗战危城》里的关系，可谓复杂之极。同父异母的亲哥俩，本是同根生，相煎何太急，生生陷在了爱恨情仇的泥潭里，动弹不得。
命运的纠缠，错位的情感，使得戚本礼将原本血脉相通的大哥视为生命中的头号敌人，发酵成一场家族的灾难。随着中国抗日救亡的展开，两兄弟一个伪装者一个潜伏者，一场情与义，国仇与家恨的拉锯战，就此展开。