三国志12和三国志12PK完全是两个游戏，除了大地图外观没变，其他的全部重置。这是因为三12是以平板电脑为平台开发的，而三12PK是以台式电脑为平台开发的。所以三12台式机上极度缺乏可玩性，而三12PK说它是最经典的一代也不为过。主要区别如下：
将领数量，三12PK在三12的基础上增加了1/3；
兵种，三12只有3个兵种，而三12PK对兵种全部重置，一共分为极具特色的16个兵种！兵种差异和战术差异碾压1-13PK所有版本；
武将战法重置，除了少数名将，多数将领的战法被重新设计，三12里，武将动辄大打击、智将纷纷火计的平板设计被取消，每个将领被重新赋予和其在三国演义故事相符合的战法，战法种类也大大增加，使得玩家的选择和操作更为有可玩性；
战场增加兵法阵，这点完全颠覆了三12的战斗方式，在兵法阵帮助下，守城方至少将获得统帅+15和穿透敌阵两个技能。这使得很多统70左右的将领在实战中能与攻方的超一流武将打对攻战。三12中推城门的无聊战斗被取消，机动野战成为AI和玩家必须选择的方式。战斗中部队阵容、阵型搭配、左右包抄、枪弓、枪骑、弓骑搭配千变万化，大大增加了游戏的可玩性；
城市增加了城市特性和技能，而这些技能一个城市不可能全部获得，这使得玩家为达到最佳运输效果、最佳经济效果、最佳生产效果、最佳战斗城市选择等，不得不不断做出取舍，改变了三12战略模式一路回车的无聊操作，大大提高了战略模式下游戏的可操作性；
增加阀值设定，武将统武智政4个参数在分别到达90和100两个阀值时，武将在战场或内政的效果上会获得飞跃。比如武力，到达90时，每两次兵击后可获得一次连击，到达100时，每一次兵击后可获得一次连击，连击的伤害为兵击伤害的30%！要知道进攻战中，以弓兵为例，其兵击伤害可以达到总伤害的70%以上！而超过阀值后对武将的提升则微乎其微，由于官职和宝物都能提高武将统武，这个设定使得战场不在是超一流武将的天下，一些拥有不错战法的普通武将，也能达到阀值，从而在战场上与超一流武将平等对战，这点在三国1-13PK里都是不可想象的；
密策系统重置，三12和三12PK的密策完全不一样；
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总之三12和三12PK完全就是两个游戏，从战略到战场几乎没有一样的地方。