硝化细菌：能稳定良好的栖息于生物过滤滤材（如生化过滤绵、生物球和生化瓷环）中；并能利用氨和亚硝酸盐两种含氮化合物作为能源，将其降解为硝酸盐（一种相对无毒的化合物）。硝酸盐在日常换水管理中容易控制含量，或者被水生植物吸收利用。氮循环即氨和亚硝酸盐和硝酸盐之间的变换和硝化。硝化细菌在正常的生长代谢下可担负这一重要的生态循环，但遇到以下两种情况必须添加菌种重新培养：
1， 新鱼缸没有硝化细菌的存在，因此用新缸养鱼缺乏定氮能力；
2， 治疗鱼病或长时间停电，导致硝化细菌大量死亡，鱼缸自净能力减弱
实际上硝化细菌分为两类。第一类为Nitrosomonas，负责把水中的氨转化为亚硝酸盐；第二类为Nitrobacter，负责把亚硝酸盐转化为硝酸盐。但我们习惯上把Nitrosomonas和Nitrobacter统称为消化细菌（Nitrifying Bacteria）。消化细菌的繁殖周期为8小时左右。但我们必须理解到水中的化学成分、温度、水体污染和溶氧等因素对硝化细菌的定氮效率是有影响的，因此保持稳定的温度， PH 和水质对于水族箱内所有生物的繁衍就变得十分的重要。
光合细菌：光合细菌是具有原始光能合成体系的原核生物的统称。光合细菌（photosynthetic bacteria,简称PSB），是一群能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用硫化氢为供氢体，以二氧化碳为碳源，进行光合作用，把硫化氢转化为无害物质的微生物。同时也可净化亚硝酸盐和氨氮等有害物质，并提高溶氧量。光合细菌在水中繁殖时可释放出具有抗病力的酵素，可提高观赏鱼和水生生物的抗病力，明显减少发病率。光合细菌可作为观赏鱼的活性添加剂使用，它含有65%的蛋白质，氨基酸种类齐全，还含有丰富的B族维生素、生物素、辅酶Q等生理活性物质。可促进动物的生长发育，增强抗病能力，提高成活率。
光合细菌生命力较硝化细菌弱，因此培养时间相对要长一些。
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